Rok 1871. Krnąbrny młody Sherlock Holmes przybywa do Oksfordu, by unikać kłopotów, lecz szybko sam staje się głównym podejrzanym w śledztwie, które zagraża jego przyszłości.
Niesłusznie oskarżony o morderstwo, 19-letni Sherlock trafia za kraty. W mrocznych murach więzienia musi przetrwać wśród brutalnych skazańców, mając za jedyną broń swój genialny umysł. Stawka jest najwyższa – jeśli nie odnajdzie prawdziwego sprawcy i nie oczyści swojego nazwiska, czeka go stryczek. Wyścig z czasem i skorumpowanym systemem zmusza młodego detektywa do podjęcia ryzykownej gry.
Sherlock powraca do opuszczonej posiadłości Holmesów, by zmierzyć się z traumami dzieciństwa. Wśród zakurzonych pamiątek i echa dawnych kłótni detektyw szuka klucza do rozwikłania globalnego spisku. Wizyta w domu rodzinnym zmusza go do konfrontacji z ojcem, Silasem, oraz odkrycia mrocznych sekretów matki, Cordelii. Każdy pokój kryje nową zagadkę, która przybliża go do prawdy o własnej tożsamości.
Sherlock staje przed dramatycznym wyborem, gdy potężny przeciwnik stawia mu niemożliwe ultimatum. Pod wpływem szantażu lojalność młodego detektywa wobec rodziny i jedynych sojuszników zostaje wystawiona na najcięższą próbę. Wybór mniejszego zła zmusi go do wejścia w mroczny świat politycznych układów, z których nie ma czystego wyjścia. W tym odcinku genialny umysł musi ustąpić miejsca bolesnym emocjom, a każda decyzja przybliża Sherlocka do błędu, który może kosztować życie bliskich
Finał sezonu przynosi zjazd rodzinny Holmesów z piekła rodem, który wystawia ich wzajemną lojalność na ostateczną próbę. W cieniu dawnych urazów i niewyjaśnionych spraw, Sherlock musi stawić czoła nie tylko przebiegłemu mordercy, ale i własnemu bratu, Mycroftowi. Gdy na jaw wychodzą głęboko skrywane sekrety Silas’a i Cordelii, młody detektyw odkrywa, że największa zdrada może boleć najbardziej, gdy pochodzi od najbliższych.