Jest XXI wiek. Po katastrofie ekologicznej ocalało niewielu ludzi. Są oni sterowani przez maszyny, a tylko nieliczni otrzymują „szansę” i wyjeżdżają na tytułową Wyspę. Lincoln Six-Echo zaczyna jednak podejrzewać, że coś jest nie tak, a Wyspa tak naprawdę nie istnieje. Postanawia zabrać ze sobą Jordan Two-Delta i uciec.