Hitomi Kanzaki zostaje przeniesiona do świata Gaea, gdzie bezwzględny tyran dowodzącymi legionami czarnego smoka, chce podbić świat niszcząc wszystko na swojej drodze. Przeciwstawić mu się próbuje garstka rebeliantów, ale by tego dokonać muszą użyć legendarnej zbroi Escaflowne, a kluczem do nie jest właśnie Hitomi.