Agentka Dana Scully zostaje przydzielona do współpracy z agentem Foxem Mulderem, w celu zdemaskowania jego działań w ramach projektu o kryptonimie „Archiwum X”, zajmującego się niewyjaśnionymi sprawami, w tym zjawiskami paranormalnymi. Ich pierwsza sprawa dotyczy grupy nastolatków ze stanu Oregon, którzy giną w lesie porażeni oślepiającym światłem. Mulder podejrzewa, że w grę może wchodzić porwanie przez kosmitów.
Mulder i Scully udają się do Idaho, gdzie prowadzą śledztwo w sprawie zaginięcia wojskowego pilota testowego, który pracował w tajnej bazie lotniczej. Na miejscu wpadają na trop eksperymentalnych samolotów, a Mulder podejrzewa, że wojsko wykorzystuje technologie pozyskane ze statku obcych, który rozbił się w Roswell.
Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie serii tajemniczych zabójstw, przy czym nie wiadomo, w jaki sposób morderca przedostaje się na miejsce zbrodni. Głównym podejrzanym jest niejaki Eugene Victor Tooms, całkiem przeciętny dozorca. Mulder podejrzewa jednak, że człowiek ten jest mutantem, który zabija swojej ofiary i pozyskuje ich wątroby, w celu przedłużania sobie życia.
W małym miasteczku w stanie Iowa, znanym z dużej aktywności UFO, znika dziewczyna, w okolicznościach zbliżonych do zaginięcia siostry agenta Muldera. Młodszy brat zaginionej, który był świadkiem zajścia, zaczyna odkodowywać szum pochodzący z przekazu satelitarnego. Mulder wierzy, że jest to klucz do rozwiązania zagadki.
Zabójstwo pewnego bezdomnego mężczyzny, które w szczegółach bardzo przypomina zbrodnię popełnioną w 1947 roku, naprowadza Muldera i Scully na ślad legendarnej bestii, znanej jako Diabeł z Jersey, która od 40 lat grasuje po lasach okalających Atlantic City.
Dwójka terrorystów zostaje znaleziona martwa w jednym z zaułków Filadelfii. Mimo to ich temperatura jak i zachowanie mięśni wydają się być charakterystyczne dla żywej osoby. W trakcie śledztwa Mulder i Scully odkrywają kobietę wokół której dochodzi do niewyjaśnionych morderstw.
W nowoczesnym biurowcu dochodzi do niewyjaśnionych, śmiertelnych wypadków. Mulder i Scully odkrywają, że może być w to zamieszany system komputerowy zarządzający budynkiem który zyskał własną świadomość.
Mulder i Scully prowadzą dochodzenie w stacji badawczej na Antarktydzie. Okazuje się, że zarówno im jak i ekipie naukowców zagraża pasożyt niewiadomego pochodzenia który potrafi przejąć kontrolę nad ludzkimi umysłami.
Tajemnicza siła sabotuje start promu kosmicznego. Ślady prowadzą bezpośrednio do dowódcy zespołu, który twierdzi, iż kiedyś, podczas obserwacji Marsa z orbity okołoziemskiej, zauważył w kosmosie obcego. Mulder podejrzewa, że duch kosmity przybył wraz nim na Ziemię i jest przyczyną zjawisk na statku.
Mulder otrzymuje informacje, że nieznany obiekt latający rozbił się w Townsend. Agent na własną rękę rozpoczyna śledztwo w obszarze objętym rządową kwarantanną, próbując odnaleźć pilota statku szybciej od wojskowych.
Gdy dwaj ojcowie, mieszkający po przeciwnych stronach kraju, zostają w niewytłumaczalny sposób zamordowani dokładnie o tej samej godzinie i w ten sam sposób, Mudler i Scully dowiadują się, że ich ośmioletnie córki są bliźniaczkami jednojajowymi i zostały stworzone w ramach kontynuacji eksperymentu eugenicznego z lat 50., który polegał na klonowaniu chłopców o imieniu Adam i dziewczynek o imieniu Ewa. Klony były silniejsze i bardziej inteligentne, ale jednocześnie skłonne do zaburzeń psychotycznych.
Na prośbę dawnej dziewczyny Muldera, z czasów studiów w Oxfordzie, agenci prowadzą śledztwo w sprawie śmierci i nękania brytyjskich arystokratów, którzy stali się celem seryjnego podpalacza. Okazuje się, że sprawca posiada zdolności pirokinetyczne, a jedynym powiązaniem z przestępstwami są listy miłosne do żon ofiar.
Umiera ojciec Scully. Tymczasem ginie dwoje nastolatków, a pewien skazaniec, oczekujący na egzekucję, twierdzi, że jest jasnowidzem i może doprowadzić Muldera do seryjnego zabójcy, w zamian za złagodzenie wyroku z kary śmierci na dożywocie. Scully jest skłonna mu uwierzyć, ale Mulder pozostaje sceptyczny.
Seria identycznych morderstw na tle seksualnym, gdzie zabójca wydaje się być zarówno kobietą, jak i mężczyzną, naprowadza Muldera i Scully na tajemniczą sektę, przypominającą Amiszów i jednego z jej członków, który jest w stanie zmieniać swoją płeć.
Napad na bank kończy się strzelaniną pomiędzy rabusiami a agentami FBI. Jeden z agentów rannych w strzelaninie który jest jednocześnie byłym chłopakiem Scully, zostaje opętany przez ducha zabitego w trakcie napadu kryminalisty.
Uznany za zmarłego morderca, którego Mulder niegdyś pomógł schwytać, powraca aby zemścić się na agencie. Fox i Dana rozpoczynają pościg kierując się zaszyfrowanymi wiadomościami wysyłanymi przez psychopatę.
Zestrzelony na Bliskim Wschodzie niezidentyfikowany obiekt jest w tajemnicy przewożony do Stanów Zjednoczonych. Mulderowi i Scully udaje się trafić na ślad pozaziemskiego pasażera transportowanego statku.
Muldera dręczą wizje dotyczące uprowadzenia przez kosmitów jego siostry. Agent prowadzi śledztwo w sprawie rzekomego cudotwórcy, który wykorzystuje swój talent zarówno do leczenia jak i do zabijania.
Mulder i Scully jadą do indiańskiego rezerwatu w północno-zachodniej Montanie, aby przeprowadzić śledztwo w sprawie nieumyślnego spowodowania śmierci. Mulder wierzy, że sprawa łączy się z pierwszym, kiedykolwiek stworzonym Archiwum X w FBI, którego głównym przedmiotem jest likantropia, inaczej wilkołactwo.
Trzydziestu drwali pracujących w lasach Waszyngtonu zostaje uznanych za zaginionych. Okazuje się, że podobny przypadek miał już miejsce w latach 30-tych a związek z tajemniczą sprawą może mieć nieznany gatunek owadów zamieszkujący okolice.
Eugene Tooms, seryjny morderca a zarazem mutant żywiący się ludzką wątrobą który został schwytany przez Muldera i Scully, zostaje zwolniony z więzienia. Para agentów musi go powstrzymać, zanim ten znów zacznie zabijać.
Po tym, jak pewien detektyw i jego były partner giną w niewyjaśnionych okolicznościach, oba wypadki powiązane zostają z dziewczynką, która była świadkiem tych zgonów. Mulder wierzy, że ośmiolatka może być reinkarnacją policjanta, zamordowanego przez swoich kolegów.
Giną naukowcy z pewnego ośrodka badawczego, pracujący nad silnikiem najnowszej generacji. Ku zdziwieniu agentów, wszystko wskazuje na to, że za morderstwa odpowiedzialny jest opóźniony umysłowo sprzątacz.
Próbując uratować Muldera z rąk porywaczy, Scully znajduje dowody tajnych, rządowych eksperymentów. Okazuje się, że prowadzone są badania których celem jest połączenie ludzkiego DNA z DNA przybyszów z kosmosu.
Archiwum X zostaje zamknięte. Scully wraca do pracy w charakterze wykładowcy w Akademii FBI. Natomiast Mulder, po otrzymaniu informacji od senatora Mathesona, jedzie do Puerto Rico, by zbadać sytuację w opuszczonej stacji nasłuchowej. Na miejscu dochodzi do kontaktu z obcym.
W jednym z podziemnych kanałów w New Jersey zostają znalezione zwłoki. Coraz więcej wskazuje na to, że sprawcą morderstwa nie jest zwykły człowiek ale niezidentyfikowana istota zamieszkująca podziemne rejony miasta.
Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie serii wyjątkowo brutalnych zbrodni. Wszystko wskazuje na to, że morderstw dopuścili się spokojni i niczym nie wyróżniający się mieszkańcy małego miasteczka.
Naukowiec specjalizujący się w badaniach nad zaburzeniami snu zostaje znaleziony martwy tuż po tym jak dokonał zgłoszenia na policję pożaru niedaleko swojego domu. Przybyła na miejsce policja nie zauważa żadnych śladów ognia, jednak Mulder i Scully dokonują zaskakujących odkryć.
Duane Barry, pacjent który utrzymuje że został wielokrotnie uprowadzony przez obcych, ucieka ze szpitala biorąc ze sobą jednego z lekarzy jako zakładnika. Agent Mulder włącza się w negocjacje z porywaczem.
Mulder stara się odnaleźć Duane'a Barry'ego na podstawie informacji które zostawiła mu zaginiona Scully. Agent Krycek mimo początkowej niechęci zgadza się mu pomóc. Tymczasem Skinner reaktywuje Archiwum X.