Młody detektyw James Gordon, oddelegowany do zwalczania przestępczości i przywrócenia Gotham City dawnej świetności, zostaje przydzielony do sprawy morderstwa pewnej znanej pary. Obiecuje wówczas zdruzgotanemu po stracie rodziców nastoletniemu synowi, Bruce’owi Wayne’owi, że odnajdzie mordercę. To nie tylko obowiązek, ale i obsesja, która będzie go drogo kosztować, i wciągnie do mrocznego, ekscytującego świata Gotham.
Detektywi Gordon i Bullock badają sprawę siatki porywaczy dzieci, którzy za cel obierają sobie mieszkające na ulicach Gotham dzieci, w tym Selinę Kyle.
Detektywi Gordon i Bullock szukają złoczyńcy, który zabija skorumpowanych mieszkańców Gotham, używając pogodowych balonów. W międzyczasie, Oswald Cobblepot wraca do Gotham.
Kiedy morderca za swój cel obiera dzieci najbogatszych mieszkańców Gotham, Bullock jest zmuszony do przyjrzenia się tragedii, która wydarzyła się dekadę temu.
Gordon przewodzi operacji odnalezienia uciekinierów z Arkham, którzy nadal są na wolności. Tymczasem Alfred, chcąc bronić Bruce’a, decyduje się na drastyczny krok.
Tragedia w dziale prowadzi do awansu Gordona i jeszcze większego poświęcenia w walce ze złem. Theo Galavan prezentuje swoje plany dotyczące przyszłości Gotham.
Kiedy Pingwin i Galavan zawierają sojusz z rodziną podpalaczy, przestępczość w Gotham gwałtownie rośnie. Pomiędzy rodzinami Galavan a Wayne odżywa konflikt sprzed lat.
Żądny zemsty Pingwin nie cofnie się przed niczym, aby uwolnić swoją matkę. Podczas pierwszego spotkania Silver i Seliny dochodzi do sprzeczki z powodu Bruce’a.