Akcja filmu dzieje się w tytułowym mieście Timbuktu w Mali, nad rzeką Niger, w którym władze przejęli dżihadyści i narzucają mieszkańcom islamistyczny reżim. Nie wolno palić papierosów, tańczyć, śpiewać, ani słuchać muzyki. Zakazana jest nawet piłka nożna. Najbardziej poszkodowane są jednak kobiety, które zostają niemal całkowicie wyłączone z życia społecznego i narzuca się im przestrzeganie absurdalnych nakazów. Kisane i jego rodzina jako nieliczni zostali oszczędzeni z chaosu zaprowadzonego przez nową władzę. Sytuacja zmienia się jednak drastycznie, kiedy mężczyzna nieumyślnie zabija sąsiada. Teraz musi stawić czoła konsekwencjom, które wyciągną od niego przedstawiciele nowego reżimu.