Elliot Alderson (Rami Malek) jest młodym programistą, który pracuje w firmie komputerowej zajmującej się bezpieczeństwem. Chłopak cierpi na fobię społeczną, a hakowanie w sieci traktuje jako jedyny sposób na nawiązywanie kontaktów społecznych. Życie rozczarowanego współczesnością Elliota zmienia jednak za sprawą Mr. Robota (Christian Slater), mężczyzny kierującego tajemniczą grupą hakerską, która przeciwstawia się najbogatszym i dąży do zainicjowania światowej rewolucji. Stanowiący refleksję nad współczesnym społeczeństwem serial, okazał się wielkim hitem i zdobył fanów na całym świecie. Produkcja została wyróżniona Złotym Globem w kategorii najlepszy serial obyczajowy, a rola Elliota pozwoliła nieznanemu wcześniej Ramiemu Malekowi zabłysnąć. Przyniosła mu też Złoty Glob i statuetkę Emmy.
Elliot to cierpiący na fobię społeczną, niewyróżniający się niczym programista. Jest specjalistą od cyberbezpieczeństwa w dużej korporacji AllSafe. Pewnego dnia spotyka na swojej drodze tajemniczego anarchistę i hakera, tytułowego Pana Robota. Nie wiemy, kim on jest ani skąd się wziął. Wiemy tylko, że ma jeden cel - chce zniszczyć korporacyjną Amerykę. I może to zrobić z pomocą Elliota.
Elliot próbuje prowadzić normalne życie, ale nie potrafi się uwolnić od wpływów FSociety. Tymczasem jego szef Gideon zaczyna nabierać coraz większych podejrzeń. Na domiar złego Tyrell pogrywa sobie z nim bardzo nieczysto.
Elliot ma problem z morfiną i postanawia ją odstawić. Doświadcza halucynacji i zaczyna myśleć nad swoim życiem. W tym samym czasie Angela również przeżywa głęboką wewnętrzną podróż i dowiaduje się o sobie rzeczy, o których wcześniej nie miała nawet pojęcia.
Ekipa Mr. Robota przeprowadza akcję. Elliot dostaje się do środka Centrum Przechowywania Danych, nie wszystko jednak idzie zgodnie z planem. Angela międzyczasie podejmuje ważną decyzję.
Elliot próbuje zhackować system, żeby wydostać Verę z więzienia, bo chce ocalić kogoś na kim mu zależy. Działania Tyrella stają się coraz bardziej szalone; Angela próbuje odnaleźć więcej informacji na temat śmierci matki.
Allsafe staje się celem hakerskiego ataku. W tym czasie Elliot spotyka się z White Rose. Tyrell jest przesłuchiwany przez policję, jednak tylko Elliot wie kim Tyrell tak naprawdę jest.
Angela rzuca pracę w Allsafe i dostaje propozycję od Colby. Elliot musi stanąć twarzą w twarz ze swoją trudną przeszłością. Musi przyzwyczaić się również do swojej nowo odnalezionej rodziny.
Eliott dokonuje kolejnego, wielkiego odkrycia dotyczące jego rodziny i FSociety. Zbliża się czas podjęcia ważnych decyzji w tych kwestiach. Wszystkie sprawy wokół Tyrella zaczynają się niebezpiecznie zacieśniać. Tymczasem Angela ma bardzo niespodziewanego gościa.
Minął miesiąc od Five/Nine, które jak się okazuje naprawdę zmieniło świat. Elliot przebywa teraz w odosobnieniu, a przywództwo przejmuje Darlene. FSociety wypuszcza w świat szkodliwego wirusa i dokonuje kolejnego ataku.
Angela odnajduje swoje szczęście w Evil Corp. Co jeszcze bardziej zaskakujące Tyrell, Mia oraz Joanna zostają nowymi przyjaciółmi. Dominique prowadzi dochodzenie FBI w sprawie ataku Five/Nine. Elliot żąda od Mr. Robota wyjaśnień.
Elliot zaprzyjaźnia się z Rayem, w nadziei, że ten pomoże mu pozbyć się Mr. Robota. Dom dokonuje wielkiego odkrycia. Darlene zastanawia się, która z > organizacji stanowi większe zagrożenie - FBI czy Dark Army?
Minął miesiąc od Five/Nine, które jak się okazuje naprawdę zmieniło świat. Elliot przebywa teraz w odosobnieniu, a przywództwo przejmuje Darlene. FSociety wypuszcza w świat szkodliwego wirusa i dokonuje kolejnego ataku.
Mr. Robot próbuje przekonać Elliota, że jeszcze może być mu pomocny. Plan opracowany przez Darlene i Angelę nie przebiega tak jak się tego spodziewały.
Mr. Robot i Elliot starają się zachować pokój i współpracować. FSociety udostępnia wideo wychwalające "Wujka Sama". Darlene pracuje nad projektem, który od zawsze był jej pragnieniem.
Elliot zaczyna rozumieć konsekwencje wydarzeń z ostatnich dni. Angela broni swoich wyborów zawodowych. Tymczasem FSociety przechodzi poważny kryzys i Darlene musi podjąć trudną decyzję.
Angela oczekuje od Evil Corp więcej niż korporacja jest w stanie jej zaoferować. Elliot i Darlene nie są pewni, czy Dark Army działa z nimi czy przeciwko nim i szukają informacji na temat ich zamiarów. Prawda jest już bardzo blisko...
Elliot zaczyna podejrzewać, że Mr. Robot znowu go okłamuje. Darlene stara się być wierna swoim przekonaniom i robić to, co należy. Tymczasem Dom i FBI są coraz bliżej rozwiązania sprawy...
Angela zawiera nieoczekiwaną znajomość. Tymczasem Darlene zdaje sobie sprawę, że rzeczy, nad którymi pracuje wymknęły się spod kontroli i akcja zaszła już za daleko.
Co tak naprawdę przydarzyło się Tyllerowi Wellickowi? Czas powrócić do wydarzeń z przeszłości, żeby rozwiązać zagadkę zaginięcia tej intrygującej postaci.
Jak potoczyły się losy sojuszników Darlene i Elliota z drugiej serii? Gdzie doprowadziła ich współpraca z niebezpiecznym rodzeństwem? Tymczasem gra pomiędzy Whiterose’em i Price’em trwa w najlepsze.
Elliot postanawia zamknąć kilka spraw z przeszłości. Tym razem chce zrobić to jak należy. Podczas swoich podróży natyka się na pewnego chłopca, z którym nawiązuje więź. Pod wpływem tego spotkania Elliot wraca pamięcią do swoich relacji z ojcem.