W niedalekiej przyszłości na świecie pojawiają się tajemnicze potwory znane jako Aragami, które niemal eksterminują rasę ludzką. Do walki z nimi powołana zostaje organizacja Fenrir, tworząca broń z komórek potworów i specjalnie przystosowanych do tego wojowników zwanych Pożeraczami Bogów. jednym z nich zostaje Lenka Utsugi, którego jedynym pragnieniem jest niszczenie kolejnych potworów. Z czasem okazuje się, że ludzkość może przetrwać w specjalnie budowanym kompleksie, ale tylko jeśli zdobędą wystarczającą ilość rdzeni Aragami, potrzebnych do jego uruchomienia.
W opanowanym przez potwory zwane Aragami świecie ostatnią deską ratunku dla ludzkości są osoby dysponujące specjalnymi mocami i bronią do ich zwalczania. Jednym z nich zostaje nastoletni Lenka Utsugi, który rozpoczyna szkolenie na Pożeracza Bogów. Nieoczekiwanie miasto zostaje zaatakowane przez sporą liczbę Aragami, a niewyszkolony Lenka rusza do walki wbrew rozkazom.
Lenka używa swojej broni, ale zostaje ranny i budzi się w więzieniu. Dzięki pomocy Lindowa udaje mu się wyjść z aresztu i dołączyć do najlepszego oddziału Pożeraczy bogów.
Oddział zostaje wysłany, by sprowadzić rosyjskiego wysłannika. W trakcie misji okazuje się, że samolot jest atakowany przez hordę Aragami, a Alisa nie chce zostawić rannych na ich pastwę.
Lenka, Kouta i Alisa zostaje członkami Pierwszej Jednostki. Po dniu wolnym czeka ich pierwsza misja polegająca na zebraniu rdzeni Aragami, potrzebnych do budowy schronu Projektu Aegis.
Lenka jest rozczarowany postępami Projektu Aegis. Pod nieobecność dowódcy Sakuya wraz z młodymi wojownikami wybiera się na polowanie na Vajry. Niestety, w trakcie zostają zaatakowani przez ich zmutowaną wersję.
Lenka i Alisa zostają uratowani przez Lindowa, który zabiera ich do schronienia, gdzie żyją odrzuceni przez miasto ludzie. Niestety wkrótce przyjdzie im walczyć o ich życie.
Po powrocie do bazy, Alisa cierpiąca na załamanie i paniczny strach trafia pod opiekę lekarzy. W tym samym czasie Lenka oddaje swoją broń do zbadania. W trakcie kolejnej misji Sakuya i jej drużyna zostają zaskoczeni przez spora grupę Aragami, uchodząc z życiem tylko dzięki radom Lenki.
Lenka dowiaduje się, że jest śmiertelnie chory a dalsze korzystanie ze swoich zdolności przyśpieszy ten proces. Mimo to zostaje wybrany na dowódcę jednej z nadchodzących akcji. Poznajemy również sekretną przeszłość Somy.
Cofając się w czasie poznajemy przeszłość przybranej rodziny Lenki i jego samego. Tragiczne wydarzenia z przeszłości po raz kolejny motywują go do walki z Aragami.
Po zebraniu dostępnych Pożeraczy Bogów, dowództwo rozpoczyna operację Meteoryt na której czele staje Lenka. Początkowo wszystko przebiega dobrze ale w trakcie dochodzi do zmiany zachowania potworów.
Lindow zostaje otoczony przez Vajry, które zmierzają do nadajnika przy tamie. Nie mając innego wyjścia Lenka rusza mu na ratunek, wyposażona w nową broń. W tym samym czasie w bazie odkrywają, że akcja jest sabotowana przez hakera. W trakcie walki wśród Vajr pojawia się Dyaus Pita.
Pierwszy Oddział musi pokonać Dyaus Pitę i pozostałe potwory, nim zabiją bezbronnych ludzi. Lenka uwalnia pełnię swoich zdolności kosztem szybszego rozpadu ciała.