Podczas starcia z wrogiem dowódca Michael Burnham z należącego do Federacji statku kosmicznego U.S.S. Shenzhou podaje w wątpliwość pokojowe podejście jego kapitana.
Podczas ataku na statek Burnham ucieka z aresztu i dołącza do kapitana. W głowie ma odważny plan szybkiego zakończenia bitwy, która przeradza się w wojnę.
Kapitan tajemniczego statku U.S.S. Discovery, Gabriel Lorca, przechwytuje prom Michael i rozkazuje jej, by dołączyła do załogi i wzięła udział w niebezpiecznej misji.
Lorca zostaje porwany przez Klingonów i uwięziony w ekscentrycznym towarzystwie. Discovery rusza na ratunek, choć Michael ma co do tej misji pewne wątpliwości.
Michael wykorzystuje swoją więź z Sarekiem, aby pomóc go odnaleźć po tym, jak został ranny podczas zamachu. Lorca musi poradzić sobie z niespodziewanym gościem.
Ktoś dobrze znany kapitanowi Lorce i porucznikowi Tylerowi z klingońskiego statku więziennego atakuje Discovery, by przekazać go w ręce ich dawnych oprawców.
Lorca ignoruje rozkaz i wysyła Burnham z Tylerem na misję, której celem jest rozbrojenie klingońskich urządzeń maskujących bezpośrednio na statku wroga.
Tyler zmaga się z zespołem stresu pourazowego, a przez dziwne zachowanie napędu sporowego Discovery trafia do alternatywnego świata, gdzie wiele ról jest odwróconych.
Tilly proponuje radykalne działanie w celu uratowania Stametsa. Michael sprzeciwia się Cesarzowi, aby skontaktować się z tajemniczym przywódcą ukrytego obozu rebeliantów.
Gdy prawdziwe intencje Lorki zostają ujawnione, wznieca on bunt na statku cesarza. W tej sytuacji Michael nie wie, za którym z dwóch byłych kapitanów ma się opowiedzieć.
Załoga Discovery wraca do domu, gdzie dowiaduje się, że Federacja przegrywa wojnę z Klingonami i konieczne jest opracowanie nowego, desperackiego planu.
Gwiezdna Flota zleca przeprowadzenie ryzykownej, choć potencjalnie bardzo korzystnej operacji na ojczystej planecie Klingonów. Michael kwestionuje słuszność misji.
Dziwna energia obserwowana na krańcach galaktyki niepokoi Gwiezdną Flotę. Kapitan Christopher Pike przejmuje więc dowodzenie na Discovery i wyrusza zbadać sprawę.
Discovery zostaje uwięziony w sferze, która może być inteligentna. Fizyczna transformacja przytłacza Saru. Tilly zostaje zaatakowana przez wrogi organizm.
Czerwony rozbłysk pojawia się w pobliżu Kaminaru, rodzinnego świata Saru. Zmusza to załogę Discovery do konfrontacji z Ba’ulami, czyli drapieżnym gatunkiem z tej planety.
Burnham zabiera Spocka na leżącą w przestrzeni zastrzeżonej planetę Talos IV. Czy tajemniczy mieszkańcy przywrócą jej bratu pamięć? Pike sprzeciwia się Sekcji 31.
Admirał Cornwell zleca załodze Discovery aresztowanie przywódcy Sekcji 31. Tymczasem Spock stara się zrozumieć, dlaczego to on stał się celem Czerwonego Anioła.
Konstrukcja nowego skafandra czasowego dobiega końca, Spock i Michael dochodzą do porozumienia, a kapitan Pike ma coraz mniej opcji i coraz więcej przeciwników.