Siły dobra i zła walczą w bliżej nieokreslonym świecie, wykorzystując najznamienitszych wojowników, jakich zdołają ściągnąć z Ziemi. Jednym z tytułowych Drifterów jest samuraj Shimazu Toyohisa, który wraz z grupą podobnych sobie ludzi musi walczyć z siłami Czarnego króla i podległych mu wojowników o nadludzkich mocach.
Podczas bitwy pod Sekigaharą w roku 1600 Shimazu Toyohisa i jego jednostka bronią odwrotu Shimazu Yoshihiro. W rezultacie Toyohisa ratuje swojego wuja, ale poważnie ranny błąka się po górach. Bliski śmierci zostaje przeniesiony do nieznanej krainy, gdzie spotyka podobnych sobie wojowników.
Wioska elfów, które pomogły Toyohise, zostaje zaatakowana przez żołnierzy imperium Orte. Chcąc odpłacić za uratowanie życia, Toyohisa wraz z Oda Nobunagą i Nasu no Yoichi atakują żołnierzy.
Armia Czarnego Króla atakuje mury Carneades i pomimo zaciekłej obrony wdziera się do środka. Z masakry udaje się uciec jedynie grupce Drifterów, a wszystko dzięki pomocy świeżo przybyłego lotnika.
Po zajęciu Carneades Czarny Król planuje kolejne podboje, które raz na zawsze wymarzą ludzką rasę. W tym samym czasie Toyohisa, Nobunaga i Yoichi łapią kobietę z organizacji Octobrist Olminu, która ich obserwowała.
Włóczędzy przygotowują elfy do walki z nadchodzącym oddziałem wroga. Oda Nobunaga przygotowuje sprytną pułapkę, dzięki, której udaje im się wygrać z przeważającymi siłami ludzi.
Elfy widząc, co ludzie zrobili z ich kobietami zabijają wszystkich w zamku. Bunt elfów zaczyna się rozprzestrzeniać co w połączeniu z wojną jaką prowadzi imperium Orte, może przyczynić się do jego klęski. Lord Saint-Germi kreśli plany tego co można zrobić by ocalić imperium.
Wojownicy Czarnego króla docierają do trójki drifterów by ich wyeliminować. Toyohisa musi zmierzyć się z władającą ogniem Joanną of Arc, a Yoichi pokonać nieśmiertelnego Gillesa de Rais.
Nobunaga planuje stworzyć nową armię pod wodzą Drifterów. By tego dokonać, chce połączyć siły elfów i krasnoludów. Po walce Yoichi słyszy głos swojego dawnego dowódcy Minamoto no Yoshitsune, który wypomina mu dawne błędy.
Drifterzy wraz z elfami przypuszczają atak na jedną z fabryk broni, gdzie przetrzymywane są krasnoludy, które przyłączą się do ich rebelii. Oczywiście Nobunaga wciela w życie, kolejną ze sowich błyskotliwych taktyk.
Czarny król ujawnia swoją potęgę i przygotowuje swoje wojska do kolejnych walk. W tym samym czasie Nobunaga nakłania krasnoludy do wytworzenia muszkietów, a w obozie pojawiają się Saint-Germi i jego przyboczni.
Dzięki pomocy Saint-Germi drifterzy dostają się do stolicy imperium, która wkrótce zostaje zaatakowana przez siły Czarnego Króla. Daje to możliwość wykorzystania muszkietów i sprawdzenia, jaki strach szerzą w szeregach wroga.
Armia Czarnego króla zostaje zdziesiątkowana, ale przegrupowuje się i działa nową taktyką. W tym samym czasie Toyohisa musi się zmierzyć z najlepszym wojownikiem Czarnego Króla zwanym Yoshitsune.