W szpitalu Świętego Bonawentury w San Jose odbywa się nadzwyczajne zebranie zarządu. Szef chirurgii, doktor Andrews sprzeciwia się decyzji dyrektora, dr Glassmana, który przyjął nowego rezydenta, doktora Shauna Murphy'ego, dotkniętego autyzmem, ale mającym też zespól sawanta. Doktor Murphy jest zachowującym się nieco dziwacznie i nieprzystosowanym społecznie geniuszem. Po przegranym przez Glassmana głosowaniu okazuje się, że Shaun na lotnisku ocalił życie chłopcu poranionemu odłamkami szkła, i jest to wiadomość numer 1 we wszystkich mediach. Shaun, który przyjechał do szpitala wraz z rannym chłopcem, upiera się, że trzeba mu zrobić echokardiogram. Zostaje jednak zignorowany i wyrzucony z budynku szpitala. Kiedy jednak podczas operacji dochodzi do zaskakujących powikłań, chirurdzy postanawiają zapytać namolnego dziwaka, co miał na myśli. Zarząd wraca do sprawy zatrudnienia Shauna. Glassman stawia na szali swoje stanowisko. Przed powtórnym głosowaniem autystyczny lekarz, nareszcie obecny w szpitalu, ma szansę się wypowiedzieć.

Pierwszego dnia pracy Shaun zjawia się w szpitalu spóźniony i wywołuje przerażenie pacjentki mówiąc na głos, że jej guz jest złośliwy. Zirytowany szef zespołu, doktor Melendez, powierza mu nieważne i nudne obowiązki. Podczas operacji nowotwór Stephanie okazuje się być umiejscowiony w taki sposób, że jego wycięcie jest niemożliwe. Rezydentka Claire jest załamana, bo wcześniej obiecała kobiecie, że wszystko będzie dobrze. Shaun wymyśla kontrowersyjny sposób, jak można usunąć guz.

W San Francisco znajduje się dawca wątroby pilnie potrzebny u Św. Bonawentury w San Jose. Doktorzy Murphy i Drowne zostają wysłani śmigłowcem po organ do przeszczepu. Nie mogą jednak wrócić drogą powietrzną z uwagi na mgłę. Ruszają zatem radiowozem policyjnym, po drodze dokonując na autostradzie operacji chirurgicznej organu. Tymczasem w szpitalu pojawiają się wątpliwości co do zasadności przeszczepu u czekającego biorcy. Zarząd szpitala staje przed trudną decyzją: czy pomóc jednemu pacjentowi zadzierając z Rejestrem Przeszczepów, przez co szpital może być pomijany podczas przydzielania narządów. Czy lekarze zdążą dostarczyć na czas organ zdolny do przeszczepu? Czy biorca dostanie nową szansę na życie?

Kapiący kran nie daje Shaunowi zasnąć. Kiedy przystępuje on do naprawy, nie może znaleźć śrubokrętu, wpada w panikę i przewraca całe mieszkanie do góry nogami. Z opresji ratuje go dopiero doktor Glassman. W szpitalu, Shaun znowu podpada Melendezowi.

Marnotrawny syn nawet nie zadzwonił po śmierci matki. Wraca do domu po długim pobycie w Tajlandii. Ojciec wita go chłodno, ale po chwili upada i zaczyna się dusić. W szpitalu, poproszono o konsultację Melendeza, bo pacjent skarży się na silny ból brzucha.

Podczas zapowiadającej się spokojnej zmiany nocnej do szpitala trafia ponad 20 ofiar wypadku autobusu z gośćmi weselnymi. Cały personel ma pełne ręce roboty. Jared dostaje młodą kobietę z rozległymi oparzeniami. Oszpecona dziewczyna rozpacza.

Dr Glassman martwi się, jak Claire radzi sobie ze świadomością, że uśmierciła pacjentkę. Wysyła ją do psychologa, ale rezydentka nie widzi problemu i na swój sposób przygotowuje się do wizyty. Jared znowu musi wykazać się nie jako lekarz, ale psycholog.

Lea zjada ostatnie jabłko Shauna. Ten idzie do sklepu po następne i w tym momencie dochodzi do napadu. W efekcie, do szpitala trafia postrzelona dziewczyna - klientka, bandyta ze zmiażdżoną tchawicą... oraz cały i zdrowy Shaun.

Szpital chwali się programem dobroczynnej pomocy krajom Trzeciego Świata. Ponieważ akcja ma wymiar propagandowy, Aoki, przy pomocy głównego kardiologa, wciska Melendezowi uroczego chłopca z Afryki.

Jared i Shaun mają okazję asystować przy bardzo ciekawej operacji. Pacjentem jest celebryta, zawodowy gracz komputerowy. Andrews pozwala Jaredowi wykonać część zabiegu, dzięki czemu rezydent może się wykazać. Natomiast Melendez zbywa wszelkie uwagi Shauna. Widząc to pacjent zaczyna buntować młodego lekarza, wykładając mu swoją filozofię życia. Wyniki badania, na które nalegał Shaun, są zaskakujące. Tymczasem Claire, która przegrała losowanie, pomaga doktorowi Coyle'owi ratować nogi młodej kobiety. Chirurg stara się stworzyć miłą atmosferę i pozwala młodszej koleżance na samodzielne operowanie. Rezydentka jednak negatywnie odbiera jego gest.

Zdesperowany Shaun gotów jest wrócić do rodzinnego Jasper, w którym czuje się bezpiecznie. Lea przekonuje go, że w takim stanie nie powinien podejmować ważnych decyzji. Postanawiają wyruszyć w spontaniczną podróż za miasto. Tymczasem lekarze ze szpitala Świętego Bonawentury muszą podjąć się skomplikowanego przeszczepu nerki u bliźniaczek syjamskich. Jedna z sióstr ma być dawcą, druga biorcą organu. Pacjentki muszą mieć zdrowe nerki, aby dokonać u nich zabiegu rozdzielenia, który ma się odbyć za pół roku. Podczas operacji dochodzi jednak do groźnego powikłania...

Po operacji rozdzielenia budzi się się tylko jedna z sióstr syjamskich – Jenny, natomiast Katie pozostaje w śpiączce. Shaun proponuje niekonwencjonalny sposób wybudzenia jej, czym wzbudza podziw neurochirurg, doktor Ko. Murphy prosi Melendeza o list polecający. Zamierza odejść ze szpitala Świętego Bonawentury i przenieść się do Hershey w Pensylwanii, dokąd wyprowadziła się Lea.

Claire asystuje doktor Lim przy operacji pękniętego tętniaka mózgu u ojca rodziny, którego znalazł małoletni syn, Payton. Badanie pooperacyjne ujawnia drugi tętniak, grożący pęknięciem. Lin nie czuje się pewnie w wykonywaniu optymalnego zabiegu.

Lim proponuje Melendezowi zawody. Specjaliści z zespołem stażystów mają zająć się podobnymi przypadkami, a zwycięży ten, kto zostanie lepiej oceniony przez pacjenta. Dolegliwości w rzeczywistości różnią się od siebie bardziej, niż się początkowo wydawało. Lim, Shaun i Jared zajmują się nastoletnią dziewczynką, która okazuje się chłopcem. Tymczasem Melendez, Claire i Morgan próbują pomóc samotnemu ojcu, który sam sprokurował sobie poważny problem. Rezydenci dowiadują się, że nie wszyscy mogą liczyć na stałe zatrudnienie, dlatego rywalizacja między nimi przybiera na sile. Po kilku miesiącach starań o dziecko Andrews i jego żona, Isabel, odwiedzają specjalistkę w leczeniu niepłodności.

Pacjentką doktora Murphy'ego jest nastolatka, która cierpi na bardzo rzadką chorobę serca. Dziewczyna, uwięziona w domu przez swoją przypadłość, ma dużą grupę przyjaciół, z którymi komunikuje się online. Ma też nadzieję, że udany przeszczep serca uwolni ją od dotychczasowego życia. Idealny dawca rodzi jednak dylematy moralne rodziców i pacjentki.

Rezydenci nadal pracują podzieleni. Oba zespoły dostają pozornie banalne przypadki: bólu szyi u mężczyzny, który przed laty doznał porażenia dolnej połowy ciała w wyniku wypadku na motocyklu, oraz 50 - letniej kobiety z zakażeniem kosmetycznego implantu policzka. W oby przypadkach, różnie ważne jak strona medyczna, okazują się relacje pacjentów z małżonkami, głębokość uczucia między nimi i wsparcie, jakie otrzymują od życiowego partnera.

Dr Murphy kwestionuje potrzebę wykonania operacji, która miała pozwolić jego młodej pacjentce uśmiechnąć się pierwszy raz w życiu. Młody doktor obawia się, że zabieg może okazać się tragiczny w skutkach, a ryzyko komplikacji jest większe niż korzyści. Tymczasem Brown i Reznick odkrywają, że przyjęta na oddział dziewczyna kłamie na temat swojej tożsamości. Shaun próbuje swatać doktora Glassmana z barmanką.

Shaun jest rozkojarzony z powodu niepokojących wieści o Glassmanie i popełnia błąd, który może zrujnować jego karierę.

Shaun proponuje leczenie bezdomnego pacjenta, co ściąga na niego kłopoty. Claire próbuje przekonać Melendeza, że ryzykowna operacja serca jest konieczna.

Shaun sprzeciwia się Melendezowi, aby móc leczyć śmiertelnie chorego dozorcę szpitalnego. Tymczasem Lim ryzykuje proces sądowy, usuwając skutki rytualnego obrzezania nastolatki.

Claire sprzeciwia się wyczerpującemu harmonogramowi pracy rezydentów. Jednocześnie jednoczy siły z Melendezem, próbując pomóc bezpłodnej pacjentce. Sean wspiera Glassmana, który dochodzi do siebie po operacji mózgu.

Shaun stara się naprawić stosunki z Leą, ale ani jego sposób, ani rady kolegów lekarzy nie działają. Lea zaczyna intensywnie szukać mieszkania. Glassman, który od operacji nie może zasnąć, ma wizję. Ukazuje mu się zmarła córka Maddie…

Shaun zauważa bąbelki w moczu jednego z pacjentów. Mężczyzna mówi, że przed laty wykonano u niego bypass żołądkowy, gdyż był bardzo otyły. Zataił to i prosi, żeby lekarze go nie zdradzili. Kiedy się okazuje, że bąbelki są objawem poważnej choroby, utrzymanie tajemnicy staje się znacznie trudniejsze. Lea mówi Shaunowi, że nie powinni mieszkać razem, bo to mogłoby zagrozić ich przyjaźń.

Lea się stara, ale perfekcjonizm i natręctwa Shauna są trudne do zniesienia. U młodej skrzypaczki z zanokcicą Shaun chce zrobić biopsję w kierunku martwiczego zapalenia powięzi. Morgan jest przeciw, bo w wyniku samego badania muzyczki palec może stać się mniej sprawny. Pogotowie przywozi nastolatkę z nawracającymi krwotokami z nosa. Okazuje się, że Riley miewała też inne dolegliwości, ale pediatrzy nigdy nie znaleźli żadnych odchyleń od normy. Do drzwi Glassmana dzwoni Debbie, która jako wolontariuszka dostarcza mu jedzenie ze szpitala.

Claire, która uparcie nie chce się ukorzyć przed Melendezem, przychodzi do niego w innej sprawie. Prosi, by pomógł jej przyjaciółce z rakiem jajnika w schyłkowym stadium, która ma bardzo silne dolegliwości bólowe. Podczas paliatywnej w założeniu operacji Kayli uwidaczniają się nowe możliwości, które jednak wiążą się z dodatkowym ryzykiem. Tymczasem sama Kayla myśli już o przyszłości męża i swojej najlepszej przyjaciółki. Pogotowie przywozi właściciela firmy budowlanej, który upadając z pistoletem do gwoździ w ręku, wbił sobie jeden w czoło. Rana okazuje się powierzchowna, ale w ciele Santiaga tkwi jeszcze jeden gwóźdź. Uszkodził on jedyną nerkę pacjenta i konieczny jest przeszczep. Lea i Shaun postanawiają kupić zwierzątko. Ostatecznie wybór pada na… rybkę. Hubert szybko zdycha, co bardzo zasmuca Leę. Jej przygnębienie ma jednak głębsze przyczyny i Shaun musi się wykazać inwencją, żeby pocieszyć przyjaciółkę.

Lim, Shaun i Claire zajmują się małżeństwem poszkodowanym w wypadku samochodowym. Żona ma krwotok wewnętrzny, którego źródłem okazuje się jajowód pęknięty w wyniku ciąży pozamacicznej. Poinformowany o tym mniej poszkodowany mąż uważa, że musiało dojść do pomyłki, gdyż 10 lat temu poddał się zabiegowi wazektomii. Morgan i Park, przygotowując nastolatka do zabiegu laparoskopowego, zauważają u niego sztywność karku. Poszukując przyczyny, dowiadują się, że Finn nigdy nie był szczepiony. Oboje starają się skłonić rodziców do zmiany decyzji, każde na swój sposób. Zwieńczeniem tej rywalizacji jest zakład między lekarzami.

Do szpitala trafia młody mężczyzna z udarem. Jego przyczyną jest lek antyandrogenny, ale pacjent nie chce przestać go brać, na dodatek kłamie lekarzom. Claire domyśla się, jaki jest powód, dla którego George bierze silny lek.

W Wigilię pogotowie przywozi z lotniska dwie osoby z podejrzaną wysypką. Młody mężczyzna szybko umiera, a druga pacjentka, Marianne, potwierdza, że oboje przylecieli z Malezji. Objawy wskazują na zarażenie śmiertelnym, egzotycznym wirusem. Po konsultacjach z zarządem Andrews wprowadza kwarantannę. Lim, Shaun i Morgan izolują zakażonych, a inne przypadki leczą za pomocą ograniczonych zasobów. Melendez przygotowuje młodego mężczyznę chorego na białaczkę do przeszczepu szpiku. Niespodziewanie Chris dostaje zawału serca. Ponieważ zabieg trzeba przyspieszyć, Park prosi o pilny przyjazd dawcę szpiku, biologicznego ojca pacjenta. Bob jednak długo się nie zjawia… Lea przyjeżdża po Glassmana, który ma przejść badania obrazowe. Parka odwiedza nastoletni syn Kellan.

Po badaniu Glassman i Lea jadą do szpitala Świętego Bonawentury, gdzie przygotowano salę dla przyjaciół i rodzin. Glassman nie zamierza mówić Shaunowi, że jego nowotwór wrócił, co Lea uznaje za niesłuszne, a nawet nieuczciwe. Tymczasem w kwarantannie trwa panika, wywołana wstrząsem hipoglikemicznym Pete'a i atakiem duszności Kellana. Krzyki przerażonych ludzi oraz bzyczenie lampy powodują, że Shaun zamyka się w sobie i nie reaguje na otoczenie. Na szczęście Morgan, która walczy z krwotokiem śródoperacyjnym u „Świętego Pete'a” i coraz ciężej chorą Lim, wpada na pomysł, jak wydobyć Shauna z tego stanu. Tym bardziej na szczęście że ciężarnej Violi odchodzą wody i trzeba pilnie odebrać poród. Poza kwarantanną, Melndez wymyśla niekonwencjonalny sposób przeszczepienia Chrisowi szpiku pobranego od ojca znajdującego się wewnątrz kwarantanny. Andrews odrzuca jego pomysł… i proponuje własne rozwiązanie.

Lekarze dochodzą do siebie po niedawnym kryzysie. Park proponuje byłej żonie, żeby została z nim i Kellanem do końca weekendu. Morgan zaprasza zaskoczoną Claire do restauracji. Niespodziewanie do doktor Browne dzwoni matka, która została eksmitowana z domu i potrzebuje pomocy. Lim daje Melendezowi do zrozumienia, że wspólna noc nic dla niej nie znaczyła. Shaun odwiedza Glassmana, który właśnie zamierza wyjść ze szpitala wbrew zaleceniom doktor Blaize. Tymczasem z polecenia gubernatora Wydział Zdrowia przeprowadza w placówce kontrolę.