O św. Ojcu Pio wiele już napisano i powiedziano. Czy są jeszcze fakty, które powinny ujrzeć światło dzienne? Tajemnica Ojca Pio to udana próba ukazania prawdziwego oblicza Stygmatyka oraz bardzo trudnej drogi, jaką przeszedł, by na jej końcu stać się jednym z największych świętych Kościoła. Twórcy zadbali o niepublikowane dotąd materiały: zeznania świadków życia świętego, jego duchowych dzieci, osób, które doświadczyły nawrócenia i uzdrowienia, oraz zdjęcia, nagrania i wypowiedzi współbraci z San Giovanni Rotondo. Film bez ogródek ujawnia, jak niewyobrażalnemu ogromowi prób został poddany skromny zakonnik z Pietrelciny: oszczerstwa i poddawanie w wątpliwość stygmatów, podsłuchy zakładane nawet w konfesjonale, posądzanie o intymne kontakty z kobietami, kary i prześladowania także ze strony osób związanych z Kościołem. Niezwykłe emocje towarzyszą widzowi, gdy śledzi on autentyczne nagrania Ojca Pio i słyszy jego charakterystyczny, jakby niepasujący do wizerunku głos. Całości dopełnia sprawiający ogromne wrażenie ekskluzywny materiał dokumentujący niedawną ekshumację ciała św. Ojca Pio.