W głębi lasu obejmuje dwa wymiary czasowe: rok 1994 oraz 2019. Opowieść w zaskakujący sposób przedstawia losy warszawskiego prokuratora, Pawła Kopińskiego, który mimo upływu lat nie potrafi otrząsnąć się po stracie ukochanej siostry, zaginionej w niewyjaśnionych okolicznościach podczas obozu letniego. Niespodziewane odnalezienie ciała, którego śmierć zdaje się być powiązana ze zniknięciem dziewczyny, może w końcu doprowadzić do przełomu w śledztwie. Policja podejrzewa, że ofiarą jest chłopiec, który zniknął bez śladu wraz z siostrą Pawła 25 lat temu. Nadzieję na rozwiązanie sprawy przyćmiewają jednak głęboko skrywane rodzinne tajemnice, których wyjście na jaw może sprawić, że wszystko, co Paweł przez lata budował legnie w gruzach.