Po wydarzeniach z Bubblegum Crisis grupa najemniczek zwana Knight Saber została rozwiązana. Gdy miastu ponownie zaczyna zagrażać niebezpieczeństwo, Sylia, Priss, Nene i Linna ponownie przywdziewają pancerze wspomagania, by stanąć do walki. Tym razem przyjdzie im zmierzyć się z najemnikami w wojskowych pancerzach, eksperymentalnymi robotami i dawnym wrogiem, mogącym kontrolować roboty.