Przed wykonaniem wykroku śmierci Kol zbiega ze statku więziennego i awaryjnie ląduje na Ziemi, gdzie przez przypadek zostaje potrącony przez turystów. Kilka godzin później w pościg za nim wysłany zostaje żeński cyborg. Tymczasem Kol przekonuje napotkanych Ziemian by walczyli w jego obronie.
Global Cybernetics, Inc. tworzy prawdziwą historię technologii. Naukowcy konstruują specjalnego cyborga, jednak aby skończyć swe dzieło potrzebują prawdziwego ciała. Traf chce, że zastrzelony zostaje ochroniarz Taylor (Evan Lurie. On właśnie został wartym prawie 7.4 mln dolarów prototypem TS-4, który zrobił prawdziwą furorę na rynku i przeszedł do masowej produkcji. Wiązało się to z zapotrzebowaniem na ludzkie ciała. Żądny zysków prezes korporacji zaprogramował jednego ze swoich cyborgów tak, by ten polował na wyróżniających się swą posturą ludzi. Jego makabryczny plan zostaje ujawniony, gdy w tajemniczych okolicznościach ginie znany atleta...
Shibuya przenosi się w czasie do roku 2388. Licealista Daisuke i jego przyjaciele zostają zwerbowani przez agentkę AHRV do walki z wrogą rasą cyborgów.
Na oczach kilkuletniego Afro, jego ojciec, dzierżący opaskę najlepszego wojownika na świecie, zostaje zabity przez pretendenta zwanego Justice. Po latach Afro zdobywa opaskę numer 2 i wyrusza na poszukiwanie Justice'a. Na jego drodze stają jednak wszelkiej maści zbiry, płatni zabójcy i fanatyczni mnisi, chcący za wszelką cenę zająć jego miejsce.
W trakcie pierwszego testu eksperymentalny android, zostaje postrzelony i wymyka się z pod kontroli. Mając wygląd i osobowość swojej twórczyni Ewa, podąża po kraju i wyrównuje dawne rachunki. W ślad za nią wyrusza agent specjalny Jim McQuade i doktor Ewa Simmons. Tymczasem android włącza umieszczoną w sobie bombę i jeżeli nie zostanie zatrzymany grozi to wybuchem atomowym.
Major i jej zespół zostają wysłani do ambasady gdzie grupa zbuntowanych cyborgów przetrzymuje zakładników. W tym samym czasie ktoś dokonuje zamachu na premiera. Po uporaniu się z rebeliantami Major otrzymuje zadanie odnalezienia morderców i ich zleceniodawców.
W roku 2029 świat jest połączony gęstą elektroniczną siecią, która rządzi każdym aspektem ludzkiego życia. Ta sama sieć staje się polem bitwy dla Sekcji Dziewiątej tokijskich sił bezpieczeństwa, która ma doprowadzić do aresztowania mistrza hakerów znanego jedynie jako Władca Marionetek.
Motoko i Batou próbują powstrzymać organizację terrorystyczną, której symbolem jest Scylla. Wszystko wiąże się z morderstwem detektywa posiadającego protezę nogi, wyprodukowaną przez korporację Mermaid's Leg. Motoko w końcu znajduje bratnią duszę ale jej partner skrywa mroczną tajemnicę, powiązaną z ich sprawą.
W niedalekiej przyszłości stworzono androidy zwane boomers, mające zastąpić ludzi w różnorakich pracach. Z czasem wiele z nich popada w szaleństwo i zaczyna zabijać ludzi. Do walki z nimi powołany zostaje specjalny oddział policji zwany AD.
Tajską wioskę napada banda przemytników opium, którzy zmuszają mieszkańców, by pomogli w uprawie, zapewnili żywność i schronienie. Na pomoc miejscowym przybywa jednak zmieniony w cyborga nastolatek i jego trzech zdeformowanych przyjaciół, którzy niedawno zostali wyrzuceni z wioski.