Po kilkunastu latach na Ziemię wraca lądownik Wiking 6. Kilka godzin później wojsko przetransportowuje go, do jednej z baz gdzie trójka naukowców rozpoczyna jego badanie. W trakcie przeglądu, z ukrytej w lądowniku kapsuły uwalnia się obcy. Powoduje to odcięcie kompleksu, z uwięzionymi w środku ludźmi. Co gorsza gdzieś w bazie czai się potwór przybyły z Marsa.
Podczas przeczesywania ruin królestwa Muta Żółwie spotkały ducha światła o imieniu Crys-Mu, który daje im możliwość dokonania Super Mutacji. W tym samym czasie Shredder i Krang odnajdują Mroczny Kamień Muta i próbując obudzić Mroczną Mu. W drugim odcinku Żółwie wraz z April i Splinterem wyruszają w podróż do Japonii, aby pomóc Kinzou Hattori w pozbyciu się ducha nawiedzającego Dom Hattori. W tym samym czasie Shredder, Bebop i Rocksteady teleportują się do Japonii, aby ukraść Tablicę Siedmiu Żywiołów i zyskać moce Bestii Strażników.
Nick Saxon pracuje w NASA. Jeden ze statków kosmicznych wraca na Ziemię. Jednak lądowanie nie przebiega pomyślnie i statek wpada do wody. Kapitan Saxon dowiaduje się, że na pokładzie jest jego była żona i najlepszy przyjaciel. W ogólnym zamieszaniu nikt nie zauważa, że załoga statku wychodzi bez żadnego uszczerbku na zdrowiu. Widz jednak dostrzega, że mają dziwne "kocie oczy" z pionowymi źrenicami. Okazuje się, że w ciałach astronautów znajdują się "obcy". Gdy na chwilę zasypiają, ludzie mogą odzyskać swoją świadomość i przekazać co się wydarzyło. Kiedy jednak "obcy" budzą się - stają się straszliwie niebezpieczni.
Grupka pracujących dla wojska naukowców tworzy urządzenie do teleportacji materii. W wyniku nieoczekiwanego błędu mężczyźni poddani jego działaniu zmieniają się w kobiety. To jednak dopiero początek, gdyż z czasem znów przemieniają się w człekokształtne gady i atakują ludzi.
Po uwolnieniu cybernetycznych zabójców M.D. Geist przemierza zniszczoną planetę w poszukiwaniu kolejnych przeciwników, których mógłby unicestwić. Nieoczekiwanie jego drogi krzyżują się z pierwszym superżołnierzem Krauserem, chcącym pod swoim przywództwem zjednoczyć garstki ocalałych ludzi.
Przy próbie zniszczenia genetycznych doświadczeń wojsku ucieka pięć zmutowanych ludzi ryb. Kilka dni później dochodzi do kilku ataków początkowo przypisywanych rekinom. Kiedy jeden z ocalałych twierdzi, że to potwory zabiły jego przyjaciół nikt mu nie wierzy ale to szybko się zmienia gdy coraz zuchwalsze ataki kreatur zostawiają więcej świadków. Do walki z nimi staje nie tylko wojsko ale i kilku zdesperowanych mieszkańców.
Naukowiec Jor-el odkrywa, że jego planecie grozi zagłada. Niestety nadzorujący wszystko na Kryptonie komputer Brainiac, odrzuca jego teorię. Jor-el wysyła więc swojego syna na Ziemię, ratując mu życie tuż przed zniszczeniem planety. Dzięki właściwościom słońca Kal-El zyskuje nadludzkie możliwości, które wykorzystuje do ratowania ludzi i walki ze złem.
Pewien fotograf jest światkiem ataku nieznanego morskiego stworzenia. Chcąc odkryć co to było, rozpoczyna własne śledztwo. Szybko wychodzi na jaw, że w pobliskich wodach czai się grupa obcych, którzy rozbili się na naszej planecie.
Załoga mirusianskiego statku kosmicznego kradnie broń zwaną Deathsphere. Chcąc ją odzyskać Ghastorianie atakują ich. Uszkodzony statek rozbija się na Ziemi, a jedyny ocalały Mirusianin rozpoczyna poszukiwania broni. Ten sam cel przyświeca również dwóm Ghastorianom, którzy przy okazji zabijają każdego człowieka na jakiego się natkną.
Grupka nowoprzybyłych więźniów wznieca bunt na asteroidzie Alfa 4, chcąc uwolnić swojego szefa, przetrzymywanego tam w hibernetycznym śnie. Wszystko idzie po ich myśli, do czasu gdy jeden z więźniów zabija będącego z nimi w zmowie pilota. Nie mając innego wyjścia bandyci rozpoczynają poszukiwania drugiego pilota. Tymczasem Jessie i pomagający jej Jack próbują wezwać pomoc i zawiadomić o zaistniałej sytuacji władze.