Neil Patrick Harris urodził się w Albuquerque 6 czerwca 1973 roku. Dorastał w małym miasteczku Ruidoso w Nowym Meksyku. Ojciec Harrisa – Ron jest prawnikiem, matka Sheila jest pisarką. Ma starszego brata Briana. Debiutował w 1988 w filmach Purpurowy pożeracz ludzi (1988) oraz Serce Klary (1988) (u boku Whoopi Goldberg). W wieku 16 lat otrzymał tytułową role w serialu Doogie Howser. M.D., która przyniosła mu dużą popularność. Poźniej zagrał m.in. w filmach The Next Best Thing (2000) and Undercover Brother (2002). W 2001 zadebiutował na Broadwayu w sztuce “Proof”. W 2005 roku powrócił na mały ekran rolą Barneya Stinsona w serialu Jak pozłaem waszą matkę (2005).