Michael Fassbender urodził się w Heidelberg w Niemczech, jego rodzice to Niemiec Josef i pochodząca z Irlandii Północnej mama Adele. Aktor wychował się w Killarney, które położone jest w południowo-zachodniej Irlandii gdzie przeprowadził się wraz z rodzicami kiedy miał 2 lata. Rodzice prowadzili restauracje, jego ojciec jest szefem kuchni. Ma starszą siostrę Catherine, która jest neuropsychologiem. Fassbender mieszka w Londynie, jego podstawowy język to angielski, drugim językiem jest niemiecki. Założył własną firmę produkcyjną "Peanut Productions". Jest dobrym przyjacielem Steve McQueena, interesuje się wyścigami Formuły 1, jest fanem Ayrtona Senny i Michaela Schumachera, którego spotkał podczas Grand Prix Wielkiej Brytanii. W 2012 roku znalazł się na liście 100 najbardziej wpływowych ludzi według Time Out, w 2013 został umieszczony na 8. miejscu wśród 100 najseksowniejszych gwiazd filmowych według Empire Online.