200 lat po wydarzeniach przedstawionych w ORGUSS 1, dwa światowe mocarstwa Zafran i Revillia łamią kruchy rozejm i rozpoczynają ze sobą wojnę, podczas której używają pancerzy wspomaganych, zwanych Decimatorami. Młody mechanik Lean dołącza do armii Revilli i w trakcie jednej z misji poznaje tajemniczą Natarumę, która jest kluczem do odesłania wszystkich Decimatorów do innego świata.