Filmy śmierć, senator, porwanie, wózek inwalidzki

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Zawodowy snajper, żyjący na dobrowolnej banicji, na pustyni Arkansas, gdzie udał się po tym jak przyczynił się do śmierci niewinnego człowieka, wraca do zawodu, by pomóc byłym partnerom próbującym unicestwić zamach stanu. Zmuszony do ucieczki, gdy zostaje oszukany i obciążony odpowiedzialnością za zabójstwo prezydenta, do którego starał się nie dopuścić, jednocześnie stara się odkryć prawdziwego sprawcę i powody zdrady.

W świecie pełnym strachu przed wrogimi mutantami rodzi się grupa ludzi o nadzwyczajnych, nieprawdopodobnych umiejętnościach. By mogli oni trenować i doskonalić swoje moce bez obaw o własne życie, profesor Xavier tworzy dla nich na terenie własnej posiadłości Szkołę Młodych Talentów. Od tej pory jako grupa X-Men muszą walczyć o swoje prawa z nadzieją, że uda im się uczynić świat bezpieczniejszym, a ludzie i mutanci wreszcie będą mogli żyć razem w zgodzie i harmonii. Jednak podczas gdy X-Men pod wodzą swojego mentora walczą o pokój, są też tacy, którzy starają się wyeliminować ludzką rasę, aby zrobić miejsce dla istot wyższych - mutantów. Od tej pory zacięta walka toczy się już nie tylko między dwoma gatunkami...