W roku 1992 do Japonii przybywają wysłannicy z przyszłości i przestrzegają, że należy zniszczyć Godzillę, gdyż wkrótce doprowadzi ona do tragedii i zniszczy Japonię. Okazuje się także, że Godzilla była kiedyś Tyranozaurem, ale pod wpływem promieniowania i reakcji jądrowych przeprowadzonych przez ludzi zmutowała. Plan zlikwidowania Godzilli udaje się, ale doprowadza do powstania innego monstrum - Kinga Ghidorah, który pustoszy Japonię i tylko Godzilla może go pokonać. Znów zostaje wysłana ekspedycja, by tym razem uratować Godzillę. Doprowadza to do pojedynku w miastach Japonii pomiędzy dwoma monstrami. Godzilla po wygranej zaczyna pustoszyć Japonię. I tylko zmodyfikowany King Ghidorah jest w stanie ją powstrzymać. A jak się okazuje, Ci z przyszłości nie są dokładnie tymi, za których się podają...