Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.
Kiedy Drakesowie wracają do domu, są zaskoczeni, widząc w środku Wolverine'a. Jednak później widać, że zaparkowali na podjeździe obok samochodu. którym przyjechali Wolverine, Rogue, Bobby i John, więc nie powinni być zaskoczeni, znajdując kogoś w domu.
Kiedy w pomieszczeniu z Cerebro Wolverine gasi cygaro na swojej dłoni, na palcu widać ślad po obrączce. Nawet jeśli Wolverine był kiedyś żonaty, to jego zdolność do samoleczenia powinna spowodować zniknięcie śladu.
Obce elementy w kadrze
Możliwe spoilery
Kiedy Cerebro zaczyna zabijać mutantów, w scenie, w której Stryker otwiera drzwi i wychodzi na zewnątrz, widać cień rzucany przez jednego z członków ekipy.
Brak ciągłości
Kiedy Nightcrawler atakuje prezydenta w owalnym gabinecie, krzesło, na którym siedział prezydent, zmienia położenie w zależności od ujęcia.
Podczas awaryjnego lądowania pas Rogue zmienia położenie w zależności od ujęcia.
Kiedy prezydent na wygłosić orędzie do narodu, ktoś podaje mu szklankę wody, która znika w kolejnym ujęciu.
W początkowej scenie włosy i broda Wolcerina zmieniają wygląd w zależności od ujęcia.
W scenie, w której Storm i Nightcrawler wchodzą do Cerebra, makijaż Storm zmienia się w zależności od ujęcia.
W końcowej scenie teczka z dokumentami, którą X-Meni dają prezydentowi, w zależności od ujęcia zmienia kolor z niebieskiego na zielony.
Kiedy żołnierze atakują Icemana w kuchni, położenie dziur po kulach na ścianie zmienia się w zależności od ujęcia.
Kiedy Magneto zabija żołnierzy przed wejściem do Cerebro, wida,ć że ich ciała leżą na ziemi. Jednak później kiedy Nightcrawler, Storm i reszta X-Menów stają w tym samym miejscu, nigdzie nie widać ciał żołnierzy.
Gdy Wolverine, Rogue, Bobby i John rozmawiają z rodzicami Bobby'ego, liczba i kolor poduszek na kanapie zmienia się w zależności od ujęcia.
Kiedy Bobby podaje Rogue ubranie, widać, że nie nosi ona stanika. Jednak później kiedy Rogue pożycza moc od Johna, na jej ramieniu widać ramiączko od stanika.
Kiedy Logan wchodzi do rezydencji i Rogue biegnie, żeby go powitać, widać, że Iceman stoi za nią. Jednak w kolejnym ujęciu Iceman stoi już obok Rogue, a w następnym ujęciu znów znajduje się za nią.
W czasie walki Wolverine'a z Lady Deathstrike, kiedy Wolverine zawisa nad zbiornikiem z wodą, a Lady Deathstrike zaczyna dźgać go pazurami znajduje się ona po jego lewej stronie. Jednak w kolejnym ujęciu Lady Deathstrike znajduje się już po prawej stronie Wolverine'a.
Kiedy Mystique kładzie kufle z piwem, zaplata ręce na klatce piersiowej, jednak w kolejnym ujęciu jej lewa ręka nadal znajduje się na jednym z kufli.
Kiedy Logan skacze na żołnierzy, ratując Rogue, Bobby'ego i Johna, odrzuca dwóch żołnierzy do przodu. Jednak później, kiedy kamera pokazuje leżące na podłodze ciała, wszyscy czterej żołnierze leżą obok siebie.
Kiedy Wolverine, Rogue, Bobby i John stoją na ganku domu Bobby'ego, widać, że stojący naprzeciwko siebie policjanci nie celują do nich, tylko do siebie nawzajem.
W scenie, w której Stryker przygląda się przetrzymywanym w celi dzieciom, widać, że wszystkie dzieci mają bose stopy. Jednak później w czasie ucieczki niektóre z dzieci mają na nogach brązowe kapcie.
W scenie w muzeum, kiedy Iceman zamraża chłopaka na podłodze, widać stojącego obok niego faceta w jeansach i czerwonych butach. Jednak już w kolejnym ujęciu mężczyzna w czerwonych butach stoi za chłopakiem na podłodze.
Kiedy Nightcrawler przechodzi przez wykrywacz metali, staje obok ławki pomalowanej w paski. Jednak w kolejnym ujęciu na ławce nie ma żadnych pasków.
W scenie, w której Logan pije napój, rozmawiając z Icemanem, w zależności od ujęcia zmienia się sposób, w jaki trzyma butelkę.
Kiedy Mystique przegląda pliki w komputerze Strykera, na ekranie widać folder o nazwie „Cerebro”. Jednak kiedy Mystique otwiera jeden z folderów, folder o nazwie „Cerebro” znika.
W scenie, w której pierwszy raz pojawia się Wolverine, widać zupełnie prosty drut kolczasty. Jednak w kolejnym ujęciu drut kolczasty jest już przecięty.
Pod koniec sceny, w której profesor Xavier odwiedza Magneta w jego celi, położenie dłoni Xaviera na drzwiach celi zmienia się w zależności od ujęcia.
W jednej z pierwszych scen filmu, kiedy Wolverine wchodzi do pomieszczenia, w którym znajduje się Cerebro, w zależności od ujęcia wchodzi do pokoju z lewej bądź z prawej strony.
Kiedy Cyclops strzela do Lady Deathstrike swoim promieniem, widać, że jej oczy zmieniają kolor z niebieskich na brązowe.
Podczas sceny ucieczki z laboratorium Jean na przemian biegnie normalnie i kuleje – w zależności od ujęcia.
Kiedy Rogue wita Wolverine'a w domu, jej fryzura zmienia się w zależności od ujęcia.
Kiedy Wolverine podaje Bobby'emu butelkę, jest ona prawie pełna. Kiedy Bobby oddaje butelkę Wolverine'owi, widać, że jej zawartość znacznie się zmniejszyła. Później. kiedy Wolverine pije z butelki. znów jest ona pełna.
Kiedy Stryker przechodzi jednym z tuneli w Alkali Lake, na okulary kapie mu kropla wody. Stryker ściąga okulary ogląda kroplę i znów je zakłada. Jednak po ich ponownym założeniu kropla znika.
Kiedy Xavier i Logan znajdują się w pomieszczeniu z Cerebro, wysokość oparcia krzesła, na którym siedzi profesor, zmienia się w zależności od ujęcia.
W scenie, w której X-Meni i Magneto oglądają mapę Alkali Lake, położenie rąk Pyra zmienia się w zależności od ujęcia.
W scenie w muzeum widać siedzącego za Icemanem mężczyznę w zielonym swetrze. W kolejnym ujęciu mężczyzna siedzi już obok Icemana, a w następnym – siedzi znów za nim.
Kiedy Jean i Storm spotykają Nightcrawlera, zawieszają go do góry nogami nad ziemią i widać, że jego płaszcz zwisa w dół. Jednak w kolejnym ujęciu płaszcz już nie zwisa w dół.
Kiedy X-Meni próbują zgubić lecące za nimi rakiety, podczas zbliżeń na Bobby'ego widać, że miejsce przed nim jest puste. Jednak w innych ujęciach na tym pustym miejscu siedzi Rogue.
Kiedy profesor Xavier usiłuje, przy pomocy Cerebro, znaleźć Nightcrawlera, metalowy hełm kompletnie zakrywa mu uszy. Jednak w jednym z późniejszych ujęć widać, że hełm nie zakrywa uszu profesora.
Kiedy żołnierz atakuje Icemana i Wolverinea w kuchni, Bobby chowa się za stołem i spadają na niego serwetki. W kolejnym ujęciu serwetki ponownie na niego spadają.
Elementy ferelne
W scenie, w której kot liże pazury Wolverine'a, na jego pazurach widać krople jakiejś cieczy, którą posmarowano szpony, żeby zachęcić kota do ich lizania.
W scenie, w której Storm podziwia tatuaże Nightcrawlera, w pewnym momencie na jego karku widać miejsce, w którym brakuje jego niebieskiego makijażu.
Pozostałe
Kiedy strażnik Magneta traci przytomność w łazience i Mystique zaczyna go obracać, widać, że unosi on nogę, żeby się podeprzeć.
W przeciwieństwie do pierwszego filmu, w którym Rebecca Romijn nosiła szkła kontaktowe, tym razem oczy Mystique stworzono przy użyciu efektów wizualnych.
Nightcrawler jest widoczny w cieniu za dziećmi, zanim on i Storm teleportowali się do celi.