97 lat temu nuklearna zagłada zniszczyła ludzką cywilizację na Ziemi. Przeżyło jedynie 400 osób, które przebywały w tym czasie w 12 stacjach kosmicznych na orbicie. W celu zapewnienia jak najlepszego przetrwania rasy ludzkiej wszystkie stacje zostały połączone, by stworzyć „Arkę”. Trzy generacje urodziły się w kosmosie, a populacja ludzka osiągnęła liczbę 4 000. Bezwzględni przywódcy stacji wprowadzili rygorystyczne zasady. Każdy z mieszkańców jest wnikliwie kontrolowany, zapasy są reglamentowane, a wszystkie, nawet najdrobniejsze przestępstwa są surowo karane. W pewnym momencie populacja Arki zaczyna wymierać. Władze postanawiają wysłać 100 nastoletnich więźniów na Ziemię, by zbadali, czy jest ona już gotowa do zasiedlania.

Kiedy okazuje się, że Jasper może wciąż żyć, Clarke, Bellamy, Octavia, Finn i Monty wyruszają na wyprawę ratunkową.

Clarke, Finn i Wells ruszają na poszukiwania przypominających wodorosty roślin z których chcą zrobić okład na rany Jaspera. Tymczasem Bellamy zabiera ludzi na polowanie. Wkrótce w powietrzu pojawia się niebezpieczna kwaśna mgła.

Okazuje się, że Wellsa nie zabili Ziemianie lecz został zamordowany przez kogoś z obozu. Clarke oskarża o morderstwo Murphyego. Kiedy okazuje się, że to Charlotte jest winna, Bellamy, Clarke i Finn usiłują obronić ją przed pozostałymi. Tymczasem Raven odlatuje z Arki w kapsule ratunkowej.

Kiedy okazuje się, że Kane planuje zmniejszyć populację Arki, Abby i Jaha uświadamiają sobie, że przynajmniej część z setki przesiedleńców musiała przeżyć.

W czasie poszukiwań Octavii Bellamy i jego drużyna przekraczają granicę terytorium Groundersów. Głęboka więź między Finnem i Clarke zwraca uwagę Raven.

Abby pomaga Clarke w przeprowadzeniu trudnej procedury. Diana Sydney zastępuje ją na stanowisku kanclerza. Kane zadręcza się podjętą decyzją.

Niektórzy z grupy stu tracą kontakt z rzeczywistością po zjedzeniu halucynogenu. Jednemu z nich zlecono morderstwo. Zdrada Diany Sydney wychodzi na jaw.

Chcąc doprowadzić do zawarcia pokoju, Finn z pomocą Octavii i Lincolna aranżuje spotkanie Clarke z przywódczynią Ziemian. Sceptyczna Clarke informuje o spotkaniu Bellamyego, który wraz z Jasperem i Raven ukrywają się w miejscu spotkania. Tymczasem na Arce Diana przejmuje kontrolę na statkiem Exodus.

Wraca John Murphy, który twierdzi, że został uwięziony przez Groundersów. Clarke i Bellamy mają odmienne zdanie na temat jego powrotu.

Clarke i Finn organizują wyprawę po pożywienie. Raven składa Bellamy’emu ofertę nie do odrzucenia, a Kane ryzykuje życiem, by spotkać się z Jahą i Abby.

Clarke i Finn muszą zmierzyć się z nowym wrogiem. Bellamy heroicznie ratuje Jaspera. Mieszkańcy Arki stawiają czoła nieuniknionemu.

Ponieważ konflikt narasta, Clarke błaga Bellamy’ego, by podjął właściwą decyzję. Octavia dokonuje trudnego wyboru. Raven i Jasper pracują na wyścigi.

Clarke ucieka z celi i dowiaduje się, że została uwieziona w podziemnym kompleksie znajdującym się pod Mount Weather. Tymczasem Lincoln ryzykuje życie chcąc uratować Octavię, a pojmani przez Ziemian Bellamy i Finn zostają uwolnieni przez Kanea.

Podejrzliwa Clarke domaga się odpowiedzi od prezydenta Dantego Wallace’a. Kane przesłuchuje jednego ze stu. Abby przeprowadza operację.

Clarke i Anya łączą siły i wspólnie uciekają z Mount Weather. Sądząc, że to Kosiarze schwytali Lincolna, Octavia przyłącza się do walczących z nimi ludzi Indry. Tymczasem Abby zostaje ukarana za pomoc udzieloną Finnowi i Bellamyemu.

Po zdradzie Clarke bierze sprawy w swoje ręce. Bellamy, Finn i Murphy spieszą na pomoc nieznajomej. Rośnie napięcie między Raven i Wickiem.

Postrzelona Clarke trafia do obozu kolonistów. Tymczasem Kane usiłuje zawrzeć pokój z Ziemianami, Jasper zgadza się wziąć udział w ryzykownym eksperymencie, a prowadzone przez Finna poszukiwania Clarke przyjmują brutalny obrót.

Dwa dni po masakrze Clarke zdaje sobie sprawę, że już nie rozpoznaje człowieka jakim stał się Finn. Tymczasem Raven odkrywa, że Mount Weather zakłóca system komunikacyjny obozu Jaha, natomiast Jasper i Monty odkrywają co tak naprawdę dzieje się w Mount Weather.

Zbliża się termin wyznaczony przez Ziemian. Jaha chce żeby koloniści opuścili obóz i poszukali innego miejsca do życia. Abby uważa, że mieszkańcy obozu powinni zostać i spróbować uwolnić swoich ludzi uwięzionych w Mount Weather. Clarke wymyśla sposób na powstrzymanie ataku Ziemian. Tymczasem Jasper, Monty, Miller i Harper planują ucieczkę z Mount Weather.

W wyniku działań Finna dochodzi do zamieszek. Abby i pozostali muszą zdecydować, czy go osądzić, czy oddać Ziemianom, którzy mają własne pojęcie sprawiedliwości.

Bellamy stara się przekonać Clarke żeby pozwoliła mu przeniknąć do Mount Weather. Przymierze pomiędzy mieszkańcami Obozu Jaha, a Ziemianami zostaje zagrożone kiedy Gustus oskarża Raven o próbę otrucia Lexy. Tymczasem w Mount Weather Monty naraża się na niebezpieczeństwo.

Clarke i Lexa napotykają nowego wroga. Bellamy i Lincoln próbują włamać się do Mount Weather. Indra składa Octavii atrakcyjną propozycję.

W Mount Weather Bellamy zostaje uwięziony wraz z Ziemianami. Jasper i Maya szukają zaginionego Montyego. Tymczasem Abby stara się zachować władzę nad Obozem Jaha, a Cage wysyła snajperów z zadaniem wyeliminowania Clarke i Lexy.

Napięcie między Clarke i Abby osiąga punkt kulminacyjny. Raven pomaga Bellamy’emu w Mount Weather. Jaha i Murphy spotykają nieznajomą.

Clarke zaczyna kwestionować decyzje podejmowane przez Lexę, a Indra nadal naciska na Octavię. Tymczasem w Mount Weather Jasper przejmuje rolę przywódcy, a Cage wplątuje Mayę w sytuację zagrażającą jej życiu.

Raven potrzebuje pomocy, więc wzywa Wicka. Jaha i Murphy napotykają niebezpieczną blokadę. Bellamy walczy z czasem w Mount Weather.

Clarke i Lexa przygotowują się do walki. Raven i Wick napotykają poważny problem. Octavia i Lincoln muszą podjąć trudną decyzję.

Podróż do Miasta Światła trwa. Jaha szokuje Murphy’ego. Clarke otrzymuje niespodziewaną pomoc, a żądza zemsty Lincolna zostaje zaspokojona.

Trzy miesiące po tragedi w Mount Weather mieszkańcy obozu dowiadują się, że za głowę Clarke została wyznaczona nagroda. Chcąc ją ratować Bellamy i Kane wyruszają w głąb terytorium Ziemian. Tymczasem Murphy znajduje drogę do rezydencji w której znajduje odmienionego Jahę.