Głównym bohaterem jest Yu Ominae - numer jeden wśród sprigganów. Mając 16 lat prowadzi podwójne życie jako uczeń szkoły oraz jako niebywale silny i zwinny agent Arcamu. Amerykanie dowiedziawszy się o odkryciu pragną przejąć Arkę. Zadaniem młodziutkiego Yu jest im w tym przeszkodzić.