Szesnastoletni Yu Ominae jest japońskim sprigganem obdarzonym nadludzkimi zdolnościami, agentem organizacji strzegącej artefaktów, które tysiące lat temu pozostawiła na Ziemi obca cywilizacja. Powodzenie kolejnej misji zadecyduje o losach świata. Amerykanie namierzyli i chcą przejąć Arkę Noego. Yu musi zrobić wszystko, by do tego nie dopuścić.