W nagrodę za złapanie wszystkich 625 eksperymentów, Lilo, Stich, Jumba i Pleakley zostali wysłani w różne punkty galaktyki - takie, które każdy z nich uważa za swoje miejsce. Ich życie zostaje wstrząśnięte, gdy podły Dr Hämsterviel ucieka z więzienia i zmusza Jumbę do stworzenia nowego eksperymentu: Leroya, złego sobowtóra Sticha. Co gorsza, Hämsterviel wkrótce klonuje to paskudne małe stworzenie, aby zbudować własną szelmowską armię. Teraz zadaniem Lilo jest pozbieranie Sticha i reszty z odległych zakątków kosmosu do walki z legionem Leroyów. Kiedy robi się ciężko, nasi przyjaciele odkrywają, że jedno jest miejsce, do którego naprawdę należą - ich paczka.