Filmy żołnierz, śmierć bohatera, tragiczny bohater

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

W 2036 podczas pracy badawczych na pustyni Nevada archeolodzy odkryli portal na Marsa, prowadzący do starożytnego miasta. Portal nazwano Arką. 20 lat później ciągle zadawano sobie pytanie jaki był cel zbudowania tego portalu i co stało się z cywilizacją, która go zbudowała. W Olduvai, stacji badawczej na Marsie dochodzi do dramatycznych wydarzeń, naukowcy zespołu "Aerospace" prowadzący badania nad ściśle tajnym projektem 6627 zostają zaatakowani przez tajemniczą siłę. Jednemu z członków załogi udaje się przesłać komunikat o naruszeniu bezpieczeństwa, który dociera do kwatery głównej specjalnego oddziału marines w Kalifornii. Zostaje ogłoszona kwarantanna obiektu, a żołnierze mają zadanie odzyskać mienie należące do rządu amerykańskiego, a w razie konieczności dokonać eksterminacji pozostałych przy życiu, ukrytych w zamkniętej strefie na najwyższym poziomie stacji.

Jerry Plunkett twardy, nowojorski chłopiec dołącza do 69. Pułku Piechoty w czasie I wojny światowej.

W dziewiętnastowiecznej Francji rodzina królewska sprawuje rządy tyranii i twardej reki, a ludność jest bezlitośne wyzyskiwana i prześladowana. Pewien szlachcic (Richard Greene) nie może dłużej patrzeć na niedolę prostych ludzi, więc pod fikcyjnym nazwiskiem, jako kapitan Carlos Scarlett rzuca wyzwanie władzy stając w obronie uciśnionych.