Filmy zaginiona cywilizacja, eksplozja, relacja ojciec-syn

Minęło już 19 lat od ostatniej przygody Indiany. Teraz podstarzały już wykładowca zajmuje się jedynie nauczaniem. Pewnego dnia jednak dowiaduje się o miejscu ukrycia jednej z trzynastu kryształowych czaszek. Nie chcąc by wpadła ona w ręce Rosjan Johns wyrusza po raz kolejny w pełną przygód podróż. Tym razem towarzyszu mu młody pomocnik Mutt, a droga wiedzie od tajnych rządowych magazynów w USA, do dżungli Peru. Trzeba będzie również uważać na dowodzonych przez agentkę Spadko i Oxleya Rosjan.

W sercu Afryki ekspedycja badawcza odkrywa złoża chemiczne czystych diamentów we wnętrzu wulkanu. Wkrótce potem amerykańska baza traci kontakt z badaczami, zaatakowanymi przez jakieś zwierzęta. Śladem tragicznej wyprawy rusza Karen Ross. Przyłącza się ekspedycji Petera Elliota, której celem jest powrót do natury superinteligentnej gorylicy. Towarzyszy im niejaki Homolka - poszukiwacz przygód, sprawiający wrażenie zwykłego oszusta. Afryka nie jest gościnna: nikt - ani ludzie, ani natura - nie czeka na przybyszy. Misję jednak trzeba doprowadzić do końca - zbliża się czas erupcji.