Filmy mutant, surrealizm, walka, eksperyment

W dniu swojego ślubu Susan zostaje trafiona dziwnym meteorytem, który napromieniowuje ją, przez co przed ołtarzem zaczyna nabierać gigantycznych rozmiarów. Szybko pojawia się tajna grupa rządowa, która ją porywa do swojej siedziby. W zamkniętej placówce Susan poznaje czwórkę innych potworów, którzy w różnych to okolicznościach stali się odmieńcami. Gdy na Ziemię przybywa kosmita Gallaksar, który pragnie odzyskać Kwantonium - substancję, którą ma w ciele Susan, rząd postanawia wykorzystać moc potworów w celu obrony planety.

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Po tym, jak wynaleziona zostaje skuteczna kuracja niwelująca działanie genu "X" odpowiedzialnego za mutację, rząd rozpoczyna wdrażać w życie program szczepień mutantów, którzy zechcą dobrowolnie poddać się leczeniu. Braterstwo pod przewodnictwem Magneto uznaje tą propozycję za poważne zagrożenie i wkrótce okazuje się, że nie były to płonne obawy. Prof. Xavier, przywódca X-manów i dyrektor ośrodka szkoleniowego dla uzdolnionej młodzieży zostaje niespodziewanie skonfrontowany z faktem, że Jean Grey, która była uznana za zmarłą nagle powraca jako obdarzona niespotykaną siłą, ale niestabilna emocjonalnie Phoenix. Film dotyka tematu inżynierii genetycznej i sposobu wykorzystania możliwości tkwiących w tej dziedzinie nauki, włączając w to rozważanie moralny aspekt działania w tym zakresie.