Filmy dowódca, saga, admirał

Data Gwiezdna 8454.130. Kapitan Kirk musi stawić czoła dwóm wyzwaniom – wspinaczce na El Captain w Parku Yosemite i nauczeniu Spocka obozowych piosenek. Wakacje zostają jednak nagle przerwane, gdy zdradziecki Wulkanita porywa Enterprise wraz z załogą i wyrusza w podróż ku ostatecznej granicy, chcąc odkryć największy sekret wszechświata.

Pokonanie Khana przez Admirała Kirka i stworzenie planety Genesis okazuje się nic nie wartymi sukcesami - Spock nie żyje, a McCoy popada w niewytłumaczalny obłęd. Nowe światło na te wydarzenia rzuca nieoczekiwana wizyta Sareka, ojca Spocka. Według niego, Spock przelał przed śmiercią swą jaźń na McCoya. Nie mogąc być bezczynnym w sytuacji, gdy jeden z przyjaciół nie żyje, a z drugim nie ma kontaktu, Kirk rusza do akcji. Uprowadza U.S.S. Enterprise, by dotrzeć na Genesis, gdzie znajduje się rozwiązanie.

Khan Noonien Singh przejmuje kontrolę nad jednym ze statków federacji i z jego pomocą atakuje kolonię naukowców zajmujących się projektem Genesis. Mając taką broń Khan zastawia pułapkę na swoich dawnych wrogów z U.S.S. Enterprise.