Po stracie ukochanej Jean Logan zaszywa się w leśnych ostępach, odrzuciwszy to kim był. Nie mając już celu zgadza się wyruszyć do Japonii, by pożegnać się z człowiekiem, któremu przed laty uratował życie. Na miejscu wszystko się jednak gmatwa i Logan po raz kolejny musi walczyć o życie tylko, że tym razem niemalże jak zwykły śmiertelnik.
Wyraźnie widać, że wszystkie kwestie Viper, granej przez rosyjską aktorkę Svetlanę Khodchenkovą, zostały zdubbingowane, ponieważ ruchy jej warg nie zostały dokładnie zsynchronizowane z wypowiadanymi przez nią słowami.
Niedopracowanie scenariusza
W filmie widać, że strefa zero po wybuchu bomby atomowej w Nagasaki znalazła się po zachodniej stronie zatoki. W rzeczywistości strefa zero wybuchu znajdowała się po stronie wschodniej.
Logan i Mariko wsiadają do pociągu na stacji Ueno i stąd jadą na południowy zachód do Nagasaki. W rzeczywistości taka podróż jest niemożliwa ponieważ, pociągi shinkansen ze stacji Ueno jeżdżą wyłącznie w kierunku północnym.
W filmie samolot zrzuca bombę atomową na Nagasaki z niskiej wysokości. W rzeczywistości samolot leciał na wysokości 9100 metrów i nie byłby widoczny nad miastem.
Kiedy Logan robi sobie prześwietlenie, na zdjęciach rentgenowskich widać, że nie ma rzepek w kolanach.
W filmie bomby atomowe zostają zdetonowane na ziemi. W rzeczywistości zostały one zdetonowane nad miastami.
Niespójności w fabule
Wolverine pierwszy raz spotyka Yashidę w 1945 roku. Kiedy spotyka go ponownie, natychmiast go rozpoznaje, chociaż w międzyczasie doznał całkowitej amnezji.
W jednej z pierwszych scen w tle słychać krzyk: „Hiroszima została zaatakowana!”. Jednak później okazuje się, że miasto, w którym toczy się akcja, to Nagasaki.
Obce elementy w kadrze
W scenie, w której Wolverine prześwietla się w domu Yashidy, za plecami Yukio wyraźnie widać przechodzącego członka ekipy.
Brak ciągłości
W jednej ze scen Mariko wyciąga pałeczki z jedzenia Wolverine'a i kładzie je obok jego miski, jednak w jednym z kolejnych ujęć pałeczki znów są wbite w jedzenie.
Kiedy Viper wchodzi do biura Shingena, ściąga z dłoni rękawiczkę. Chwilę później widać, jak Viper ponownie ściąga rękawiczkę, którą zdjęła chwilę wcześniej.
Samolot, którym Wolverine odlatuje z Alaski do Tokio, zmienia się na zupełnie inny, kiedy już znajduje się w powietrzu.
W scenie, w której Logan i Mariko stoją na lotnisku, w tle widać, że ktoś wręcza Yukio czarną aktówkę. W kolejnym ujęciu Yukio nie trzyma aktówki.
Kiedy Wolverine i Yukio jadą do Noburo, w samochodzie Yukio płacze i jej oczy są mokre, jednak w kolejnym ujęciu oczy Yikio są suche.
W pierwszej scenie, w której Jean i Logan są razem w łóżku, w zależności od ujęcia Logan leży na plecach bądź na boku, chociaż wcale się nie porusza.
W scenie, w której Mariko zabiera jabłko od przekupki, ma na sobie sweter, chociaż w poprzednim ujęciu, kiedy rozmawiała z Loganem, nie miała swetra.
Kiedy Logan i Mariko spędzają noc w domu w Nagasaki, przez cały czas pada ulewny deszcz, jednak gdy następnego dnia Logan wychodzi z domu, ziemia na zewnątrz jest sucha i nigdzie nie widać nawet kałuży.
Kiedy Logan usiłuje przedostać się do Mariko, zostaje wielokrotnie trafiony z łuku. Jednak kiedy w końcu zostaje schwytany przez ludzi Viper, na jego koszuli nie widać żadnej dziury.
Kiedy Wolverine i Mariko jadą pociągiem, podróżują w tym samym przedziale. Podczas walki na dachu Wolverine i jego wrogowie cofają się o kilka przedziałów, jednak kiedy jeden z nich zagląda przez okno do przedziału, w środku widać siedzącą Mariko.
Kiedy Wolverine zostaje zaatakowany w hotelu i spada z balkonu, widać, że został postrzelony w lewe ramię, jednak kiedy się budzi, weterynarz wyciąga mu kulę z prawego ramienia.
Kiedy Logan i Mariko wbiegają do jednego z pokojów w kasynie, goniący ich gangster strzela trzy razy, zanim Loganowi udaje się zamknąć drzwi. Jednak później, kiedy widać ujęcie pokazujące zamknięte drzwi, są w nich trzy dziury po kulach.
Shingen zostaje otruty przez Viper podczas ataku ninja na rezydencję Yashidów. Trucizna sprawia, że na jego twarzy pojawiają się blizny, jednak kiedy chwilę później Shingen atakuje Logana i Yukio, blizny z jego twarzy znikają.
Podczas walki ze Srebrnym Samurajem Logan kradnie swojemu przeciwnikowi broń. W kolejnych ujęciach broń na przemian znika i pojawia się w jego dłoni.
Pozostałe
W żadnej ze scen, w których czynnik leczący Wolverine'a nie działa, na jego dłoniach nie widać ran po wyciąganych i chowanych przez niego pazurach.
W scenie, kiedy Logan i Mariko szukają schronienia przed deszczem, widać, że razem z kamerą poruszającą się z lewej strony na prawą porusza się także padający deszcz.
Na pogrzebie Viper nagrywa walkę Logana na komórkę. Kiedy podczas nagrywania wpada na nią jeden z gangsterów, Viper przesuwa rękę z telefonem w prawo, a później całkiem ją obniża, jednak obraz wyświetlany na ekranie cały czas pokazuje Logana.
Pociąg, którym podróżują Logan i Mariko, to pociąg elektryczny, jednak nigdzie nad nim nie widać żadnych przewodów, dzięki którym mógłby się poruszać.