Filmy dowódca, saga

Data Gwiezdna 8454.130. Kapitan Kirk musi stawić czoła dwóm wyzwaniom – wspinaczce na El Captain w Parku Yosemite i nauczeniu Spocka obozowych piosenek. Wakacje zostają jednak nagle przerwane, gdy zdradziecki Wulkanita porywa Enterprise wraz z załogą i wyrusza w podróż ku ostatecznej granicy, chcąc odkryć największy sekret wszechświata.

Załoga statku badawczego USS Enterprise staje przed jednym z największych wyzwań w historii galaktycznej dyplomacji. Odwieczne prawa ustalone przez Radę nakazują bezwzględny zakaz ingerowania w rozwój innych, zwłaszcza niżej rozwiniętych cywilizacji. Kapitan Jean Luc Picard musi jednak zdecydować, czy pozostawić bez pomocy kilkusetosobową kolonię osadników, żyjących na odległej planecie, czy przerwać procedury zmierzające do zniszczenia planety uznawanej za jedno z najpiękniejszych miejsc we wszechświecie.

Krążownik Enterprise powrócił na gwiezdne szlaki, strzegąc spokoju Zjednoczonej Federacji Planet. Kapitan Picard (Patrick Stewart) powstrzymuje Borgów - androidalne istoty z odległych cywilizacji przed inwazją na Ziemię. Wtedy obdarzeni wspólnym mózgiem przeciwnicy cofają się w czasie, by uderzyć jeszcze raz: w wieku XXI - w okresie, kiedy wyniszczona wojną planeta nie mogła się bronić. Był to jednocześnie najważniejszy moment w dziejach wszechświata. To wówczas doszło do pierwszego oficjalnego kontaktu Ziemian z innymi istotami, co w rezultacie doprowadziło do powstania Federacji. Borgowie zamierzają udaremnić ten kontakt i nie cofną się przed niczym, by swój cel osiągnąć. Idąc ich śladem Picard cofa Enterprise o trzy stulecia, ale Borgowie wdarli się już na pokład krążownika...

Pokonanie Khana przez Admirała Kirka i stworzenie planety Genesis okazuje się nic nie wartymi sukcesami - Spock nie żyje, a McCoy popada w niewytłumaczalny obłęd. Nowe światło na te wydarzenia rzuca nieoczekiwana wizyta Sareka, ojca Spocka. Według niego, Spock przelał przed śmiercią swą jaźń na McCoya. Nie mogąc być bezczynnym w sytuacji, gdy jeden z przyjaciół nie żyje, a z drugim nie ma kontaktu, Kirk rusza do akcji. Uprowadza U.S.S. Enterprise, by dotrzeć na Genesis, gdzie znajduje się rozwiązanie.

Po wielu latach walk Romulanie w końcu proponują pokój Federacji. Do negocjacji wysłany zostaje U.S.S. Enterprise, z dowodzącym nim kapitanem Picardem. Tylko, że w trakcie Romulanie próbują się włamać do komputera pokładowego, a sam Picard zostaje wzięty do niewoli. Okazuje się bowiem, że Romulanami dowodzi Shinzon klon Picarda, który by przeżyć potrzebuje jego DNA.

Khan Noonien Singh przejmuje kontrolę nad jednym ze statków federacji i z jego pomocą atakuje kolonię naukowców zajmujących się projektem Genesis. Mając taką broń Khan zastawia pułapkę na swoich dawnych wrogów z U.S.S. Enterprise.