Szpital dla weteranów kieruje się dziwną zasadą, określaną przez tytułowy paragraf 99: jeśli schorzenie nie jest wynikiem wojennej kontuzji, chorzy nie mają prawa do bezpłatnych świadczeń. Tej bezdusznej regule próbuje się przeciwstawić grupa młodych lekarzy. Ich przywódca zostaje zwolniony z pracy, lecz wtedy pacjenci wznoszą bunt.