SG1 wciąż jest w niewoli u Hathora. Gua’uld’owie wszczepiają Jack’owi swój symbion. Na statku, poza zniewoloną drużyną, przebywa jeszcze jeden nieproszony gość, który może uratować życie Jack’a – Tok’ra. Generał Hammond, chcąc uwolnić SG1, wysyła kilka grup SG na ratunek, ale nie przynosi to pożądanego efektu. Pentagton nie zamierza wysyłać kolejnych żołnierzy, dlatego Generał Hammond bierze sprawy w swoje ręce. Teal’c wraz z Bra’tac’em przebywają wciąż na Chulack i tam próbują powołać armię, która nie tylko pozwoli uwolnić SG1, ale i stawi czoło Gua’uld’om.

Ojciec Sam – Tok’ra Jacob prosi SG1 o pomoc w odnalezieniu Gua’uld’a Seth’a, który ukrywa się na Ziemi od chwili zakopania Wrót w Gizie. Daniel dowiaduje się, że kult Setha ma sporo wyznawców, a ich siedziba znajduje się w bardzo dobrze uzbrojonym ośrodku w stanie Waszyngton. Przed ośrodkiem SG1 spotyka oddział ATF, który od dawna śledzi poczynania wyznawców. O’Neill, Carter i Daniel wpadają w niewolę zaraz po tym jak włamują się do budynku.

O’Neill otrzymuje informację, że Władcy Systemu planują atak na Ziemię. Thor proponuje pomoc w negocjacjach z najeźdźcami. Trzech Władców Systemu przybywa na Ziemię, by podjąć rozmowy. W czasie przerwy Teal’ca i jeden z władców – Kronos, zostają znalezieni ze sporymi obrażeniami po pobiciu. Wina spada na Teal’ca. Nirrti podejmuje próbę uleczenia Kronos’a specjalną maszyną, niestety nieskutecznie. Kolejną próbę podejmuje Catrer, której mimo słabych umiejętności leczniczych udaje się poprawić stan zdrowia Kronos’a. Wychodzi na to,że Nirrti z jakiś powodów nie chciał uleczyć Kronos’a.

SG1 podczas jednej z wypraw znajduje pomieszczenie ze zwłokami, należącymi jak się okazuje, do byłych przedstawicieli Ligi, którzy chcieli zdetronizować Władców Systemu. Daniel zabiera na Ziemię znalezioną tabliczkę i zaczyna ją studiować. Po powrocie zaczyna słyszeć głosy i nawiedzają go dziwne wizje. Lekarze diagnozują u Daniela schizofrenię i zamykają go w ośrodku dla psychicznie chorych. Teal’c składa wizytę Danielowi w szpitalu. Podczas odwiedzin Daniel widzi jak małe stworzenia wychodzą z jego ciała i wchodzą w skórę Teal’ca. W dodatku słyszy głos Ma’chello. Tym razem Teal’c odczuwa obecność pasożyta i idące za tym konsekwencje.

Planeta Orban to nowy cel podróży SG1, które poszukuje nowych technologii. W ramach wymiany wiedzą, Daniel i Tael’ca zostają na planecie w celu przebadania starożytnej mozaiki z pomieszczenia Gwiezdnych Wrót, a Merrin z opiekunem Kalanem wraz z O’Neill’em i Carter wracają na Ziemię. Na miejscu okazuję się, że Merrin chciałaby dołączyć do SGC. Dziewczynka jest niezwykle inteligentna i posiada ogromną wiedzę, kilkokrotnie większą od najmądrzejszego dziecka na Ziemi w jej wieku.

Przez przejście w lustrze kwantowym, w strefie 51, przechodzą dwie osoby z alternatywnej rzeczywistości: dr Samantha Carter – odpowiedniczka major Samanthy Carter, i major Kowalski - w tej rzeczywistości umarł kilka miesięcy temu. Wszyscy z SGC są zaskoczeni niespodziewaną wizytą gości. Major Carter boi się, że jej odpowiedniczka z alternatywnego świat umrze, gdyż coraz silniej odczuwa zniekształcenia czasowe.

W trakcie misji, której celem jest odnalezienie UAV, SG-1 zostaje schwytane przez łowcę nagród. Pracuje on na zlecenie diabelskiego Lorda Sokara. Oznajmia zaskoczonej załodze, że ktoś oferuje nagrodę za ich głowy. Obiecuje jednak wypuścić ich na wolność, jeśli tylko pomogą mu złapać Goa'ulda. Chodzi o konkretnego członka ruchu oporu - Tok'Ra. Czy załodze uda się przekonać Łowcę, aby go oszczędził?

SG-1 odkrywają wioskę, która jest terroryzowana przez Unas, zbierających ofiary dla szatana (Sokara). Załoga zostaje schwytana przez panującego nad tym obrządkiem kanonika. Teal'c zostaje uznany za demona i skazany na śmierć. Czy uda im się uciec zanim Unas zabiorą ich przed oblicze Sokara?

Załoga SG-1 spotyka inny zespół SG. Oferują im pomoc, w odpowiedzi jednak zostają ostrzelani. Po przebudzeniu załoga SG-1 odkrywa, że to była mistyfikacja lojalnych współpracowników Apophisa. Żołnierze Jaffa przygotowują operację infiltracji Ziemi. Czy SG-1 uda się ich przekonać, że Apophis nie żyje?

Podczas akcji ratowniczej Jackson spotyka swoją żonę Sha're, od dawna uznaną za zaginioną. Znajdujący się wewnątrz niej Goa'uld Amaunet próbuje zamordować Daniela. Teal'c jednak swoim strzałem zabija Sha're. Pogrążony w żałobie Daniel powraca na Ziemię, aby złożyć dymisję w SGC. Po drodze ma dziwne wizje, w których widzi Sha're. Ona prosi go, aby przebaczył Teal'cowi. Sha're opowiada mężowi o swoim wyjątkowym dziecku.

SG-1 odwiedza planetę, na której wszyscy mieszkańcy cierpią na amnezję. Poznają tam błyskotliwą naukowiec o imieniu Ke'ra. Kobieta towarzyszy im w drodze powrotnej na Ziemię, gdzie zamierza znaleźć antidotum. Między Ke'rą a Danielem rodzi się uczucie. Przyjaciele mężczyzny poznają jednak kilka niepokojących szczegółów z jej życiorysu. Zaczynają podejrzewać, że w przeszłości Ke'ra była dobrą znajomą SGC.

Tok'Ra przybywają do SGC z wiadomością, że ojciec Carter został schwytany przez Sokara i zesłany do księżycowego Piekła. Tylko Jolinar, jeden z Tok'Ra, który zadomowił się w Carter, zdołał stamtąd uciec. SG-1 wyrusza z misją ratunkową, aby pomóc Jacobowi i poznać kulisy ucieczki Jolinara.

O'Neill, Carter, Jackson i Martouf zostają schwytani przez Apophisa. Próbuje on wydobyć od nich kilka sekretów, które chciałby przekazać Lordowi Sokarowi. Tok'Ra planują wysadzić w powietrze księżycowe Piekło i w ten sposób pozbyć się Sokara na dobre. Czy Teal'cowi uda się uratować swój zespół zanim dojdzie do eksplozji księżyca?

Podczas prowadzenia badań medycznych dr Frasier wstrzykuje całej ekipie środki uspokajające. Wszyscy tracą po nich przytomność. Pasożyt żyjący w Teal'cu pomaga mu się ocknąć. Zauważa więc, że Hammond i Frasier prowadzą rozmowę z kosmitami. SGC zostaje przejęte przez obcych. Dzięki pozostałościom pasożyta Carter również się uwalnia, ale czy zdoła powiadomić amerykańskie siły lotnicze o inwazji?

Dwa statki-matki należące do Goa'uldów zostają zniszczone podczas ataku w miejscu, gdzie osiedlili się Tollanie. W trakcie tej akcji schwytany zostaje Skaara/Klorel. Tollanie zapraszają załogę SG-1 do udziału w trybunale, na którym zapadnie decyzja na temat przyszłości Skaara/Klorela. Tuż obok nich zasiadają Goa'uldowie, oczywiście są po stronie Klorela. Czy można jednak wierzyć w ich rzekome pokojowe zamiary?

Załoga SG-1 udaje się z wizytą na planetę, gdzie znajduje się bajeczna plaża. Po przejściu przez gwiezdne wrota wracają do SGC. Wydawało im się, że dopiero co je opuścili, ale nie było ich kilka godzin. Wkrótce udaje im się ustalić, że obcym udało się zainstalować w ich głowach tajemnicze urządzenie. W ich obecności pojawia się dziwny irytujący byt Urgo, którego nikt go nie widzi.

Podczas negocjacji handlowych na planecie, załodze SG-1 zostaje zaprezentowany deszcz meteorytów, nazywany przez miejscowych "ognistym deszczem". Wszyscy są przerażeni, kiedy wielki meteoryt omal nie wchodzi w atmosferę. Po przeprowadzeniu wstępnych badań Carter i Jackson dochodzą do wniosku, że ich uderzenie może spowodować spustoszenie na powierzchni. Zarządzają ewakuację mieszkańców. O'Neill poszukuje tych, którym potrzebna jest dodatkowa pomoc.

Na nowej planecie Tollan odmawia się udzielenia jakiejkolwiek pomocy technicznej SG-1. O'Neill zmuszony do kradzieży, zabiera ze sobą urządzenie obronne. Powraca do SGC i zostaje zawieszony przez Hammonda. W czasie przymusowego urlopu O'Neilla odwiedza Maybourne. Opowiada o istnieniu zespołu, który zajmuje się nielegalnym pozyskiwaniem technologii na potrzeby Ziemi. Proponuje O'Neillowi pozycję szefa tej jednostki. Pod pretekstem szybkiej emerytury O'Neill wykorzystuje wrota, aby znaleźć się poza wszechświatem.

Sonda UAV, podczas rutynowego lotu, spada i trafia w roślinę podobną do kaktusa. Chwilę przed końcem nagrania kamera filmuje dziwna formę życia, przypominającą ludzi. SG1 otrzymuję zadanie odzyskania sondy. Zaraz po wylądowaniu na planecie, odnajdują małą wioskę tubylców. Wszyscy z SG1, prócz Teal’ca, zaczynają odczuwać ból głowy. Mieszkańcy planety mdleją z nieznanych przyczyn. W niedługim czasie nieliczne zachorowania zamieniają się w prawdziwą epidemię. SG1 przypuszcza, że to ich jednostka nieświadomie przywiozła chorobę z Ziemi.

Daniel przepada bez śladu podczas prac badawczych. Oddział SG-1 zwraca się o pomoc do jego ekscentrycznego dziadka.

Oddział SG-1 staje twarzą w twarz z najpotężniejszym jak dotąd wrogiem: istotą masowego zniszczenia, nad którą nawet Asgard nie ma kontroli.