Kreskówka opowiada o przygodach grupy mutantów – osobach posiadających nadludzkie zdolności. Profesor Charles Xavier otwiera szkołę dla dzieci „specjalnie uzdolnionych” i stara się ściągnąć do niej jak najwięcej młodych mutantów, by uczyć ich, jak mają sobie radzić ze swymi mocami. Pomagają mu w tym ci, którzy niezwykłe umiejętności posiadają już od dłuższego czasu – Sztorm, Wolverine i Bestia. Pod ich czujnym okiem swe zdolności rozwijają między innymi Cyklop, Jean, Kurt oraz Ruda. Muszą sobie oni radzić nie tylko z ukrywaniem swej mocy, ale także z wrogimi im mutantami, którzy pod przewodnictwem Magneta próbują zdominować świat…