Filmy żołnierz, morderstwo, tragiczny bohater

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

W 2036 podczas pracy badawczych na pustyni Nevada archeolodzy odkryli portal na Marsa, prowadzący do starożytnego miasta. Portal nazwano Arką. 20 lat później ciągle zadawano sobie pytanie jaki był cel zbudowania tego portalu i co stało się z cywilizacją, która go zbudowała. W Olduvai, stacji badawczej na Marsie dochodzi do dramatycznych wydarzeń, naukowcy zespołu "Aerospace" prowadzący badania nad ściśle tajnym projektem 6627 zostają zaatakowani przez tajemniczą siłę. Jednemu z członków załogi udaje się przesłać komunikat o naruszeniu bezpieczeństwa, który dociera do kwatery głównej specjalnego oddziału marines w Kalifornii. Zostaje ogłoszona kwarantanna obiektu, a żołnierze mają zadanie odzyskać mienie należące do rządu amerykańskiego, a w razie konieczności dokonać eksterminacji pozostałych przy życiu, ukrytych w zamkniętej strefie na najwyższym poziomie stacji.

Profesor Charles Xavier, najpotężniejszy telepata na świecie, założył szkołę, w której "mutanci" uczą się wykorzystywać swoje moce dla dobra całej ludzkości - tej samej, która nie chce uznać ich prawa do życia i samostanowienia... W szkole profesora Xaviera pojawia się dwoje nowych "mutantów": Logan / Rosomak, samotnik ze stalowymi szponami u rąk, który posiadł niezwykłą moc regeneracji i Marie / Ruda, wyalienowana nastolatka, która pochłania siły życiowe i wspomnienia każdego, kogo dotknie. Rosomak i Ruda wstępują w szeregi "X-Menów", którzy stają do walki z dawnym kolegą profesora Xaviera, Erikiem Lehnsherrem zwanym "Magneto". Magneto, dysponujący ogromną mocą "mutant" odwrócił się od społeczeństwa, wyznaje bowiem pogląd, że ludzie i "mutanci" nie mogą pokojowo współistnieć...

Charles Xavier (James McAvoy) posiada niezwykłą moc telepatii. Zostaje poproszony przez CIA o pomoc w złapaniu innych ludzi obdarzonych nadprzyrodzonymi mocami, którzy zagrażają bezpieczeństwu narodowemu USA. Młody profesor zaczyna rekrutować innych mutantów, którzy mu pomogą w walce z niebezpiecznymi osobnikami.

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.

Stary król walczy z chłopskim powstaniem. Podczas kolejnej bitwy ginie, a jego syn zostaje ciężko ranny. Królowa prosi o pomoc sędziwego smoka, ten odstępuje królewiczowi połowę swego serca - pod warunkiem, że obdarowany będzie przestrzegał kodeksu rycerskiego.