Gonaba po powrocie ze studiów w Europie osiedla się w pigmejskiej wiosce, aby otworzyć tam szkołę. Stopniowo zaczyna nabierać wątpliwości, co do swojej dotychczasowej wizji świata i zastanawiać się nad swoim stosunkiem do innych kultur oraz ekspansją wartości świata zachodniego. Oparty na powieści Étienne'a Goyemide film opowiada o życiu ostatnich pierwotnych mieszkańców afrykańskich lasów tropikalnych. Coraz częściej zmuszani do porzucenia swoich siedzib stają się ofiarami rasizmu mieszkańców afrykańskich miast. W Milczeniu lasu grają autentyczni Pigmeje z wioski Akungu.