Akcja Izo rozpoczyna się w roku 1865 egzekucją zbuntowanego samuraja, tytułowego bohatera filmu – Izo Okady. Egzekucja ta ma wyjątkowo brutalny przebieg: bohater zostaje ukrzyżowany, a jego zwłoki – rozczłonkowane i rozrzucone po całym kraju. Dzięki potędze przepełniającego go w chwili śmierci gniewu Izo zmartwychwstaje. Od tej chwili jako nieśmiertelny samuraj podróżuje w czasie i przestrzeni. W wędrówce przyświeca mu tylko jeden cel: zabić każdego człowieka na ziemi.