Fabuła "Franklina i Skarbu Jeziora" zamknięta jest w ramach jednej historii, nie trzeba więc znać serialu, aby móc w pełni zrozumieć film. Jego akcja rozpoczyna się od retrospekcji - babcia Franklina przypomina sobie swoje dzieciństwo oraz zakopaną w ziemi kapsułę czasu z przedmiotami należącymi do członków jej rodziny. Gdy przenosimy się do teraźniejszości, oglądamy Franklina i jego kolegów wesoło bawiących się w piratów gdzieś w lesie. W drodze powrotnej do domu Franklin odkrywa, że ktoś wtargnął na teren opustoszałego domostwa jego cioci Lusi. Sprawdzając, co tam się wydarzyło, daje się wystraszyć nieznanej sobie kuzynce Sapci, która używa do tego jednej z masek przywiezionych przez ciocię z dalekich podróży.