Kontynuacja filmu "Pokemon: film pierwszy". W odległej krainie jest miejsce z krystalicznie czystą wodą i zakazanymi górami. Mewtwo i jego towarzysz Pokemon super-klon ostatecznie znajdują dom, gdzie mogą żyć w spokoju, z dala od wścibskich oczu i raniących ocen ludzi. Ale idylla nie trwa długo. Znów los Mewtwo spocznie w rękach Asha.