Juan Borgia wraca z Hiszpanii przynosząc ojcu wiadomość o śmierci Pedro Luisa, nieślubnego syna kardynała. Zrozpaczony Rodrigo postanawia wziąć sprawy pozostałych dzieci w swoje ręce. Nastoletniej Lukrecji obiecuje zamążpójście, Juan ma zostać księciem Gandii, a Cezar - wbrew woli - biskupem Walencji. Rywalizacja pomiędzy braćmi przybiera na sile.

W Rzymie panuje śmiertelna gorączka, której ofiarą jest papież Innocenty VIII, ale także Lorenzo de Medici i Vanozza Catanei. Zaręczyny Lukrecji zostają odwołane - Borgia znalazł dla niej lepszą partię. Przeciwnicy Borgiów - Della Rovere i Colonna - snują już plany na konklawe. Papież po raz kolejny zmienia testament, co powoduje wściekłość Rodriga Borgii. Kardynał postanawia potajemnie przenieść złoto z watykańskiego skarbca, by nie wpadło w ręce Della Rovere, który jest beneficjentem nowego testamentu. Wkrótce znajduje też z pomocą synów sposób, by dokument został zniszczony.

Po pogrzebie papieża, kardynałowie zamykają się na konklawe. Borgia, który po raz trzeci ubiega się o papieską tiarę, zwalcza przymierze między Della Rovere i Colonną. Ascanio Sforza, który także pragnie zawładnąć Stolicą Apostolską, nastawia obie strony przeciw sobie. Pierwsze tury głosowania konklawe nie pozwalają na wyłonienie nowego papieża, ale faworytem jest Della Rovere. Cezar dowiaduje się, że Rodrigo obiecał go Bogu w zamian za papieską tiarę. Postanawia poświecić nowonarodzonego syna, aby Borgia wygrał konklawe.

Rodrigo przekupuje wszystkich kardynałów i dobija targu ze Sforzą, obiecując mu stanowisko archidiakona. Zostaje wybrany papieżem i przyjmuje imię Aleksandra VI. Lukrecja, po cudownym wyjściu z ostrej gorączki i majaków, pragnie zostać zakonnicą.

Panowanie papieża Aleksandra VI rozpoczyna się od serii reform, mających na celu walkę z korupcją, która szerzy się w Watykanie. Della Rovere udaje się do Genui, by rozsądzić spór między Neapolem i Francją. Aleksander VI musi opowiedzieć się po jednej ze stron. Sprowadza z Hiszpanii Juana, by powierzyć mu dowództwo wojsk papieskich. Cezar ma pozostać odizolowany w Spoleto, co doprowadza go do wściekłości. Zaręczyny Lukrecji są odwoływane po raz drugi. Teraz ma poślubić Giovanniego Sforzę, ale bez konsumowania małżeństwa.

Krzysztof Kolumb właśnie odkrył Amerykę. Aleksander VI musi rozstrzygnąć spór między Hiszpanią a Portugalią. W tym czasie Della Rovere przekonuje króla Francji, Karola VIII, by najechał Włochy i usunął papieża. Alessandro Farnese i Cezar są mianowani na kardynałów. Wkrótce Aleksander VI, pod naciskiem Vanozzy, uznaje trojkę swoich dzieci.

Lukrecja błaga ojca, by pozwolił jej skonsumować małżeństwo, ale w kluczowym momencie Sforza nie staje na wysokości zadania. Juan, po miesiącu miodowym, powraca do Rzymu z żoną Marią Enriquez de Luna, pierwotnie zaręczoną z zamordowanym zmarłym przyrodnim bratem Juana, Pedrem Luisem. Zostaje szefem straży papieskiej. Inwazja francuska zdaje się być nieunikniona. Cezar, który nie wierzy w wojskowe talenty Juana, błaga ojca, by mógł zamienić kapelusz kardynalski na hełm i miecz. No próżno. Goffredo zostaje ożeniony z księżniczką Neapolu, ale Juan uwodzi ją, zanim młodociany brat ma okazję sprawdzić się jako mąż. W pałacu apostolskim Giulia wydaje na świat dziewczynkę.

Francja wypowiada wojnę Włochom. Włoskie księstwa opowiadają się po stronie francuskiej. Aleksander VI gromadzi wojska tureckie i neapolitańskie, mając nadzieję, że zapewnią one obronę Rzymu. Lukrecja żąda rozwodu ze Sforzą. Archidiakon zdradza zatem papieża i opowiada się po stronie Francuzów. Gulia zostaje zatrzymana przez oddziały francuskie podczas próby ucieczki z Rzymu. Po raz pierwszy Aleksander jest naprawdę zrozpaczony. Zgadza się na wydanie Cezara Colonnom w zamian za ich lojalność. Przekupiona przez Francuzów straż papieska zostawia Rzym na pastwę nadchodzących oddziałów.

Borgiowie barykadują się w zamku Świętego Anioła, podczas gdy Karol VIII wkracza triumfalnie do Rzymu. Podejmuje z papieżem pertraktacje pokojowe. Chce, by Aleksander VI koronował go na króla Neapolu. Uwolniony Cezar przysięga zemstę, Mąż Lukrecji, Giovanni Sforza, dowiaduje się, że jego małżeństwo zostanie anulowane z powodu impotencji. Szerzy plotkę, że papież wykorzystuje seksualnie córkę. Aby ustabilizować kruchy sojusz z Francją, Cezar jest ponownie oddany jako zakładnik, tym razem Francuzom.

Po wymknięciu się oddziałom francuskim, Cezarowi udaje się przedostać do Spoleto. Lukrecja pomaga Marii Enriquez uciec z miasta z dzieckiem, co sprawia, że Juan traci panowanie nad sobą. Dla Aleksandra nadszedł czas, by przyznać, że Lukrecja stała się silną i niezależną osobowością. Wciąż chce zostać mniszką, jednak on już znalazł dla niej nowych kandydatów na mężów. Neapol wpada w ręce Francji, Karol VIII decyduje się na powrót do kraju. Aleksander VI organizuje święte przymierze z Hiszpanią, Niemcami, Wenecją i Mediolanem. Po przybyciu do Rzymu, oddziały hiszpańskie są witane przez lud okrzykami radości. Cezar w końcu dołącza do rodziny.

Karol VIII niespodziewanie umiera, a nowy król wygania ze dworu kardynała Della Rovere, którego czeka proces w Rzymie. Lukrecja zakochuje się w hiszpańskim żołnierzu, którego na jej drodze postawił ojciec, by udowodnić, że jej powołanie nie jest dostatecznie silne. Juan przypisuje sobie bohaterskie czyny pewnego hiszpańskiego generała, co zwiększa nienawiść Cezara do brata. Aleksander wysyła Cezara do Florencji, aby zaproponować stanowisko kardynalskie Savonaroli. Ten odmawia i jest ekskomunikowany. Cezar zawiera przeciw niemu przymierze z franciszkanami.

Pragnąc ustanowić pokój w Rzymie, Aleksander VI utrzymuje kardynalstwo Della Rovere, obłaskawiając w ten sposób jego sprzymierzeńców. Brzemienna Lukrecja opuszcza klasztor. Juan zostaje zamordowany. Wstrząśnięty śmiercią syna Aleksander przysięga posłuchać ostrzeżenia Boga i raz na zawsze skończyć z przekupstwem w Kościele. Śledztwem kieruje Cezar, choć przez niektórych jest uważany za podejrzanego. Udaje mu się nakłonić ojca, by pozwolił mu zrezygnować z kardynalstwa i budować imperium Borgiów jako żołnierz.

Cezar, który prawdopodobnie winien jest nie tylko zamordowania swojego brata, ale także pozbawienia życia kochanka swojej siostry Lukrecji, Pedro Caldesa, wyjeżdża do Królestwa Neapolu, gdzie jako kardynał koronuje Ferdynanda II. W Neapolu prowadzi życie pełne zbytków i ekscesów, a konieczność sprawowania urzędu kościelnego jest dla niego wielkim ciężarem. Również i matrymonialne plany Cezara mogą wkrótce przynieść mu rozczarowanie. Młody kardynał ubiega się o rękę córki króla Neapolu Carlotty, ale ona jest już przeznaczona innemu mężczyźnie. Lukrecja, która zaszła w ciążę ze swoim, nie żyjącym już, kochankiem Pedro Caldesem, ukrywa się w domu swojej matki Vannozzy Cattanei. Nikt nie może się dowiedzieć, że spodziewa się dziecka, ponieważ jej ojciec, papież, chce ponownie wydać ją za mąż.

Jak pozbyć się Gaceta, papieskiego powiernika znienawidzonego przez wrogów Rodrigo Borgii - papieża Aleksandra VI? Kardynałowie mają już perfidny plan! Jeden z nich, Flores oskarża Gaceta o molestowanie. Za homoseksualizm w ówczesnym Rzymie grożą wysokie kary. Rodrigo jest zmuszony zaaresztować swojego doradcę. Kto zaopiekuje się nowo narodzonym dzieckiem Lukrecji? Chłopca mogłaby wziąć pod opiekę Giulia Farnese, metresa Aleksandra VI - wówczas Rodrigo Borgia mógłby zostać uznany za ojca dziecka, co umożliwiłoby wydanie Lukrecji za mąż. Młoda matka ostatecznie przystaje na tę propozycję, chociaż rozłąka z pierworodnym synem sprawia jej ogromny ból. Tymczasem papież Aleksander VI walczy o uwolnienie Gaceta.

Wśród nowo mianowanych kardynałów najbardziej elokwentny i ambitny jest Juan Borgia Lanzol. W niedługim czasie udaje mu się doskonale zorientować w sytuacji mieszkających w Rzymie krewniaków. Od służących Lukrecji dowiaduje się, że mały Giovanni jest jej synem, co miało być pilnie skrywaną tajemnicą... Tymczasem Cezar wyrusza do Toskanii, by spotykać się z Savonarolą - charyzmatycznym kaznodzieją, któremu udało się nakłonić Florencję - niegdyś stolicę sztuki, piękna i przepychu - do pokuty. Jak się wkrótce okaże, w starciu z elokwencją mnicha Cezar ma niewielkie szanse. Sprytny kaznodzieja doskonale wie, jak wykorzystać wątpliwości i słabości młodego człowieka i jak sprawnie nim manipulować.

Próba ognia - przejście między dwoma płonącymi stosami ma udowodnić słuszność tez Savonaroli. Podobne wyzwanie czeka także i Cezara Borgię. Kaznodzieję będzie reprezentował mnich dominikański. Cezara - franciszkanin. Gdy wszystko jest przygotowane, z nieba na zebranych spada ulewny deszcz, który gasi ogień. Cezar musi uznać zwycięstwo Savonaroli. Lukrecja wciąż jest niezamężna. W imieniu kilkuletniego spadkobiercy Henryka VII o jej rękę prosi arcybiskup Cantenbury. Jednak Lukrecja godzi się na mariaż wyłącznie z dorosłym mężczyzną. Tymczasem do Rzymu przybywa jej dawny kochanek - Alfonso D’Este. Jak się okazuje, namiętność między nimi nie wygasła.

Po zwycięstwie nad Savonarolą Cezar Borgia triumfalnie wraca do Rzymu. Sukces uważa za punkt zwrotny w swojej karierze. Nie rezygnuje z planów poślubienia Carlotty d'Aragon i włożenia na głowę korony króla Neapolu. Oto Borgiowie i ich tajemnice w kolejnym odcinku serialu poświęconego jednemu z najpotężniejszych rodów dawnej Europy. Aby zrezygnować z godności kardynalskiej, Cezar Borgia potrzebuje zgody wszystkich kardynałów, której na razie nie udaje mu się uzyskać. Ale od czego są przekupstwo, szantaż, morderstwa? Sprawnie intrygując, papieski syn uzyskuje w końcu jednomyślność głosujących i zrzuca kardynalski kapelusz.

Wrogowie Rodriga po raz kolejny atakują. Della Rovere chce sprokurować kompromitujący dokument, który pozbawi Borgię tronu papieskiego. Oto Borgiowie i ich tajemnice w kolejnym odcinku drugiego sezonu serialu „Prawdziwa historia rodu Borgiów". Tymczasem kuzyn della Rovere dogaduje się z najbliższym doradcą i powiernikiem papieża Gacetem. Jeśli Gacet uzyska dla niego stanowisko, gotów jest dostarczyć papiery, które mają skompromitować Borgię. Tymczasem trwają poszukiwania uprowadzonego dziecka Lukrecji.

Lekarstwo, którym Rodrigo Borgia leczy smutek po śmierci syna, okazuje się mieć poważne skutki uboczne. Pod jego wpływem następca świętego Piotra traci kontrolę nad swoim zachowaniem. Miewa też halucynacje. Musi odstawić lek. Na odwyku przechodzi straszliwe męki, a po Rzymie krąży plotka, że papież umiera... Czy poddający się leczeniu odwykowemu papież odzyska siły? Podczas gdy Rodrigo przechodzi męki związane z odstawieniem narkotyku, syn papieża Cezar udaje się do Lyonu, gdzie na drodze sprawnych manewrów zamierza uzyskać tak przez niego pożądaną rękę Carlotty d'Aragon.

Mąż Lukrecji Borgii jest o nią szalenie zazdrosny. Aby skierować na siebie uwagę żony, uwodzi jedną z towarzyszących jej dam. Jego plan przynosi jednak odwrotny skutek - Lukrecja jest poirytowana i donosi o zdradzie swemu ojcu papieżowi. Cezar kontynuuje swoją batalię o rękę Carlotty. Musi przeciągnąć na swoją stronę Annę Bretońską, kochankę Ludwika XII. Zamierza to uczynić podejmując aktywne starania o anulowanie małżeństwa Ludwika i Joanny, tak, by dla kochanków otwarła się droga do małżeństwa. Jak zakwestionować sakramentalny związek? Należy w tym celu stwierdzić deformację fizyczną małżonki - staje się zadaniem Cezara i della Roverego. Ich misja kończy się powodzeniem, a Ludwik jest zachwycony. Jednak ręka Carlotty wciąż nie jest dla Cezara.

Wielka porażka Cezara Borgii! Choć starania papieskiego syna o rękę Carlotty d'Aragon stają się coraz skuteczniejsze, bo, jak się okazuje, dziewczyna odwzajemnia jego uczucia, wkrótce wskutek podstępnych manewrów kardynała Briconneta zostanie ona żoną innego mężczyzny! Cezar Borgia stracił szansę na rękę Carlotty d'Aragon. Zraniony i pokonany poprzysięga krwawą zemstę kardynałowi Briconnetowi - człowiekowi, który udzielił ślubu wybrance papieskiego syna z innym mężczyzną. W życiu Lukrecji zachodzą duże zmiany. Papież mianuje ją gubernatorem Spoleto. Choć córka Borgii nie jest przekonana, czy nadaje się do pełnienia tej funkcji, wkrótce okaże się, że w roli władcy radzi sobie zupełnie nieźle.

Cezar Borgia nie zna litości. Syn papieża szykuje się do podboju Mediolanu. Na drodze sprytnych manipulacji zmusza weneckiego ambasadora, by zobowiązał się zatrzymać oddziały cesarza Maksymiliana, które mogą stanąć mu na drodze. A co z życiem prywatnym młodego Borgii? Król Ludwik XII sugeruje mu małżeństwo z Carlottą d’Albert, siostrą króla Nawarry Jana III, spokrewnioną z francuskim monarchą. Czy tym razem małżeństwo Cezara dojdzie do skutku? Spór między zarządzanym przez Lukrecję Borgię Spoleto a sąsiednim Terni nie wygasa. Jak się okazuje, konflikt między społecznościami tych miast ma długą historię. Lukrecji udaje się jednak w końcu zapanować nad sytuacją. Młoda kobieta nie najlepiej się czuje - jak się wkrótce okaże, przyczyną jej dolegliwości jest ciąża. Mąż Lukrecji, Alfons d’Aragon, nie posiada się z radości. Jej ojciec, Rodrigo Borgia, chce, by wróciła do Rzymu. Córka papieża spełnia wolę ojca z ciężkim sercem. Wie, że gdy opuści Spoleto, spór międzysąsiedzki z Terni rozgorzeje na nowo.

Nieudany zamach na papieża? Historia zna takie przypadki. Księżna Caterina, w zemście na papieżu Aleksandrze VI – Rodrigo Borgii – planuje otruć go chorą krwią. Próba kończy się jednak niepowodzeniem. Niedoszła zabójczyni papieża ucieka. Syn papieża Cezar Borgia spędza miłe chwile z niedawno poślubioną Carlottą d’Albert, siostrą króla Nawarry Jana III, szykując się do natarcia na Mediolan. Czy uda mu się zgromadzić odpowiednią ilość wojsk? Do jakich podstępnych manewrów się odwoła? Czy znajdzie sojuszników? Czy wesprze go jego ojciec? Córka papieża, Lukrecja Borgia, która przybyła właśnie do Rzymu i spodziewa się dziecka, podejmuje działania, by pogodzić zwaśnionych członków swojej rodziny. Działa w tym celu wraz z nią Izabela - córką papieża, która nie została przez niego uznana. W trakcie spotkania kobiet z ich ojcem Rodrigiem, niespodziewanie pojawia się syn Izabeli Aurelio. Czy papież uzna swojego wnuka? Czy Lukrecji uda się doprowadzić do pojednania rodziny?

Cezar Borgia szykuje się do kolejnego ataku - tym razem jego celami będą Imola i Forli, ale jego najsilniejsza broń pozostanie niezmieniona... będzie nią, jak zwykle, podstęp... Lukrecja Borgia kontynuuje swoją misję pojednania rodziny. Przekonuje byłą kochankę swojego brata, Cezara Borgii, Fiamettę, by ochrzciła synka, który stał się owocem ich romansu. Uroczystość odbywa się w Kaplicy Sykstyńskiej. Incognito i przez nikogo nie zauważony na miejscu zjawia się także ojciec dziecka, Cezar Borgia. Nowy członek rodziny, niedawno uznany wnuk Aleksandra VI Aurelio, dostrzega, że papież spogląda na swoją córkę Lukrecję nie jak ojciec, ale jak rozpustnik. Młody mężczyzna pozostanie na to obojętny...

Pod nieobecność przebywającego w klasztorze Rodrigo Borgii, rządy sprawuje Lukrecja. W uznaniu sukcesów, po powrocie ojciec mianuje ją pierwszym doradcą papieskim, jednak wpływy kobiety już wkrótce zostają ograniczone. Cezar, syn papieża, nadal podbija zbuntowane prowincje. Po wielu miesiącach oblężenia w końcu widzi szansę na zdobycie Forli, gdzie ukrywa się księżna Caterina Sforza-Riario. Nowi potomkowie, rodzinne niesnaski, konflikty lojalności – Borgiów czekają kolejne intrygi, radości i upokorzenia. Tymczasem Hiszpania odkrywa Nowy Świat i Rodrigo obawia się, że bogactwo z odkrytych krain może zmienić oblicze Europy… Czy papieskiej rodzinie uda się utrzymać władzę?

Atak na Florencję, która nie spełniła ultimatum, wydaje się coraz bardziej prawdopodobny. Taka wizja przeraża Machiavellego, dawnego przyjaciela Cezara. Umiera mąż byłej kochanki Rodrigo – Lukrecja chce o tym poinformować matkę, ale zamiast tego odkrywa, że kobieta ma romans z dużo młodszym mężczyzną. Informacja o czynach Vanozzy rozwściecza Cezara, który angażuje siostrę do bardzo delikatnego zadania. Czy romans matki będzie miał poważne konsekwencje dla całej rodziny? Tymczasem do Pałacu Apostolskiego wprowadza się Giulia, a nałożnica Alessandro oczekuje kolejnego dziecka. Trudny poród zmusza kardynała do wystąpienia przeciwko nauce Kościoła. Czy życie Sylvii i niemowlęcia jest warte zdrady?

Czy miłość może prowadzić do zdrady? Alfonso d'Este, na żądanie swojego ojca, prosi o przeniesienie siostry Lucii, stygmatyczki z San Sisto, do klasztoru Ferrara. Papież sprzeciwia się prośbie, jednak Lukrecja próbuje spełnić żądanie kochanka. Rodrigo coraz więcej czasu spędza z Yuizą, młodą kobietą z Nowego Świata, która poszukuje Boga z dziecięcą wiarą. Zazdrosna Giulia doprowadza jednak dziewczynę do załamania nerwowego i planuje okrutną zemstę. Tymczasem Cezar planuje kolejne ataki i z powodu nowej kochanki ryzykuje skandal dyplomatyczny, a Alessandro chce ustąpić z urzędu. Czy jego odejście będzie możliwe w obliczu kolejnego rzymskiego skandalu?

Czy miłość może prowadzić do zdrady? Cezar zostaje wezwany do króla Ludwika, by wytłumaczyć nieautoryzowaną wyprawę jednego z podwładnych. Władca proponuje kompromis, który rozwściecza papieża. Mimo sprzeciwu ojca, Cezar rozważa postawione mu warunki. Musi też wybrać kolejny cel ataku. Florencja, Bolonia czy może zupełnie inne miasto? Tymczasem w rodzinie Borgiów dochodzi do tragedii. W czasie bójki d'Este i di Calabria, rywalizujących o względy Lukrecji, synek kobiety upada na podłogę i doznaje urazu głowy. Krytyczny stan małego Rodrigo może pogodzić skłóconych członków rodziny albo doprowadzić do dalszych waśni. Czy chłopca uda się uratować? A może Borgiowie wykorzystają chore dziecko jako argument?

Gdy Cezar Borgia powraca do Rzymu, odradza się dawna nienawiść między nim a jego szwagrem, Alfonso di Calabria. Chociaż Lukrecja napomina obu mężczyzn, nic nie może ich pogodzić. Czy rodzinna waśń zakończy się na wzajemnych pogróżkach? A może doprowadzi do tragedii? Tymczasem władca Aragonu i król Francji rywalizują o tron Neapolu. Przeciwnicy zdają sobie sprawę, że to głos papieża będzie decydujący, licytują się więc w obietnicach dla Stolicy Apostolskiej. Rodrigo nastawia ich przeciwko sobie, by ugrać jeszcze więcej… Gdy wokół Borgiów narastają kolejne konflikty, Leonardo da Vinci prezentuje Cezarowi nową broń. Czy geniusz wynalazcy zostanie wykorzystany w walce?

Cezar wita na świecie córkę. Owdowiała Lukrezja przebywa w Nepi, gdzie przyjmuje wizyty i otrzymuje kolejne propozycje matrymonialne. Nieświadomy wcześniejszych wydarzeń, Rodrigo planuje wydać ją za Alfonso d'Este, dawnego kochanka. Małżeństwu sprzeciwia się jednak rodzina Alfonso. Trwa spór papieża i króla Ludwika, nie podjęto też decyzji w sprawie neapolitańskiego tronu. Kardynałowie zaczynają obawiać się wojny, jednak to nacisk Cezara będzie miał największe znaczenie dla ostatecznego rezultatu. Tymczasem rozpoczyna się święty rok – składki pielgrzymów mają napełnić papieski skarbiec i umożliwić kolejne podboje. Czy plany Borgiów pokrzyżuje bunt wiernych, którzy we własnych językach poznają Biblię?