Żyjąca dotąd w głębinach Godzilla, zostaje wypłoszona na powierzchnię przez próby nuklearne. Gigantyczny gad zatopiwszy kilka statków atakuje Tokio i pomimo zaciętej obrony niszczy je niemal doszczętnie. Gdy konwencjonalna broń zawodzi jedyną nadzieją na ocalenie okazuje się wynalazek doktora Daisuke Serizawy.