W Zatoce Japońskiej z niewyjaśnionej przyczyny toną statki. Świadkowie twierdzą, że przed tragedią widzieli promień światła. Dr Yamane, słynny paleontolog wraz z grupką ochotników postanawia zwiedzić okoliczne wyspy w poszukiwaniu przyczyny niezwykłych wypadków. Trafiają na wyspę Odo, której mieszkańcy wierzą, że winny temu jest wielki jaszczur z legend zwany "Gojira". Tymczasem prehistoryczny gad, obudzony próbami z bronią masowej zagłady wyrusza w kierunku Tokio, gdzie sieje spustoszenie. Zaczyna się walka o miasto, a może nawet o cały świat...