Po porażce w walce z Godzillą niedobitki ludzi i ich sprzymierzeńców natykają się na przypominających ludzi humanoidów zdolnych przeżyć w toksycznym środowisku. Dzięki ich pomocy garstka ocalałych odnajduje miasto z nanometalu będące pozostałością po Mechagodzilli. Sądząc, że dzięki zdobytej technologi uda się pokonać króla potworów, Haruo Sakaki postanawia poprowadzić garstkę ocalałych do kolejnego starcia z Godzillą.