Czwórce dzieci, wczepione zostają eksperymentalne implanty z metalu, obdarzonego sztuczną inteligencją. Kilka lat później odnajduje ich potężna organizacja zwana Egrigori, która zrobi wszystko by przejąć nad nimi kontrolę. Nie mając innego wyjścia Ryo, Hayato, Takeshi i Kei muszą stawić czoła wysłanym przeciw nim cyborgom, mutantom i innym tworom organizacji.
W wyniku wypadku nastolatek Ryou Takatsuki traci prawą rękę, którą zastępuje przeszczepione ramię od niewiadomego dawcy. Jakiś czas później do szkoły Ryou przenosi się nowy uczeń Hayato Shinguu, dysponujący lewym ramieniem o nadludzkiej mocy. Chcąc zabić Ryou, porywa jego przyjaciółkę.
Do szkoły zostaje przeniesiony kolejny uczeń Takeshi Tomoe. Wibracje wskazują, że może on być kolejnym posiadaczem tajemniczego przeszczepu, co wkrótce wychodzi na jaw. W tym samym czasie staje się również jasne, że wszystko było zaplanowane i ma swój cel.
Bliźniacy Al i Jeff porywają Mayę a następnie organizują na terenie szkoły pułapkę i podkładają bomby by zabić większość uczniów. Według nich jest to tylko gra do, której wykorzystują stworzone przez siebie cyborgi.
Egrigori wysyła Keitha, by pozbył się bliźniaków. On również dysponuje przeszczepem ARMS, ale potrafi go wykorzystać o wiele lepiej. Tego samego dnia przyjaciele łączą siły z niedawnym wrogiem.
Przyjaciele udają się do wioski Abusawa, by dowiedzieć się, czym są ich przeszczepy. W trakcie podróży zostają napadnięci i muszą skorzystać ze swoich możliwości.
Po dotarciu do Abusawy okazuje się, że wioska nadal tam jest, a jej mieszkańcy nie mają pojęcia o żadnym ataku. Wraz z zapadnięciem nocy grupa zostaje zaatakowana przez Crimson Triad i zdalnie kontrolowanych mieszkańców.
Cybrogi z Crimson Triad atakują ponownie i tym razem będzie to pojedynek na śmierć i życie. Zaraz po walce grupa trafia do podziemnego laboratorium, gdzie mogą odkryć prawdę o sobie i przeszczepach.
Mary Katz pokazuje chłopakom jak powstali i nieudane eksperymenty poprzedzające ich narodziny. Zdrada naukowców zostaje szybko zauważona przez Egrigori a cała wioska i laboratorium zaatakowane.
Ryou, Hayato i Takeshi odkrywają istnienie Megumi Kurumy, która jak oni posiada wszczep i pracuje dla organizacji Blue Men. Za jej namową udają się do ich siedziby.
Egrigori wysyła kolejne oddziały by zdobyć ARMS. Tym razem ich przeciwnikami są nie tylko cyborgi ale i elitarna jednostka ESPerów. Nieoczekiwanie okazuje się, że matka Ryo jest świetnie wyszkolonym żołnierzem.
Ryo udaje się do parku rozrywki gdzie Cliff Gilbert zastawiał na niego pułapkę. By uwolnić przyjaciół będzie musiał zmierzyć się z trzema przeciwnikami. Pierwszym z nich jest Volf, genetycznie zmodyfikowany człowiek potrafiący w mgnieniu oka naprawić swoje rany. Drugim natomiast Kyklops mający wibracyjne noże i oczy mogące spalać wszystko na co spojrzy.
Ostatecznym przeciwnikiem Ryo jest sam Cliff, który dysponuje ogromnymi talentami telekinetycznymi. By zmusić chłopaka do przemiany, atakuje Megumi. Czy mimo ran i Ryo zdoła utrzymać drzemiącą w nim bestię?
Cliff triumfuje gdy Ryo przemienia się w Jabberwocka ale szybko zaczyna żałować, że do tego dopuścił. W tym samym czasie Yugo i troje ARMS'ów próbuje dotrzeć do świadomości Ryo.
W mieście pojawia się kolejna ekipa elitarnych zabójców dowodzona przez Gaussa i Keitha, którzy szybko eliminują większość Ex ARMS'ów i rozpoczynają polowanie na Hayato i jego przyjaciół.
Grupa dzieli się na trzy zespoły, z których każdy ma do wykonania inne zadanie. Będzie to niezwykle trudne, gdyż ich przeciwnicy są niemal nieśmiertelni i nastawili przeciw nim całe miasto.
Ryo, Megumi i Yugo nie mogą namierzyć wieży kontrolnej i zostają otoczeni. Misa i Takeshi próbują usunąć bombę, ale muszą poradzić sobie ze sporą ilością wrogów. W dzielnicy pojawia się policja.
Grupa Hayato trafia na Keitha. Chcąc ocalić przyjaciół i dziadka Hayato, dokonuje pełnej przemiany. W tym samym czasie Takeshi za sprawą Misy odzyskuje pewność siebie.
Hayao chcąc zniszczyć Keitha musi zatrzymać jego ostateczną broń. W tym samym czasie Takeshi musi rozbroić bombę i pokonać jej strażników. On również dokonuje ostatecznej przemiany.
Komandosi Gaussa przegrywają na każdym froncie a Ryo odkrywa gdzie znajduje się ich główna baza. Gdy Ryo walczy z jego marionetkami Gauss, trafia go specjalną kulą mającą niszczyć nanomaszyny.
Ryo próbuje ocalić Jabberwocka wchodząc do jego umysłu, gdzie odkrywa jego stwórcę. Ostatecznie zjednoczeni osiągają moc większą niż kiedykolwiek, która wykorzystują by zniszczyć Gaussa i jego ludzi.
Na spotkaniu Keith'ów dochodzi do kolejnych decyzji. W tym samym czasie, przyjaciele docierają do USA i udają do miasteczka Gallows Bell w poszukiwaniu Katsumi.
Grupa trafia do pustynnego miasteczka, gdzie zostaje zaatakowana przez kolejny, elitarny odział zabójców. Jak sie okazuje są on stworzeni przez genialne dzieci takie jak Al.
W miasteczku pojawia się Violet Keith i opowiada Ryo i Hayato o swojej przeszłości. Megumi próbuje odszukać porwanych przyjaciół ale zamiast tego spotyka tajemniczego nieznajomego.
Kei, Ryo i Hayato zakładają pułapki na nocną walkę ze Stingerem i jego ludźmi. Dzięki odkryciu ich słabości okazują się one skuteczne ale nie wystarczą na samego Stingera.