Magneto po uwolnieniu przez White Queen z wojskowego konwoju, planuje zagładę ludzkości. W tym celu atakuje szkołę Xaviera i zdobywa Cerebro - urządzenie który wzmacnia moce mutantów. Przy jego pomocy chce zmienić kurs zbliżającej się komety tak by zderzyła się z Ziemią.