Najpopularniejszy serial telewizyjny na świecie jest kontynuowany na uwodzicielskich wybrzeżach Hawajów, gdy dowództwo obejmuje pierwsza kobieta jako agentka specjalna odpowiedzialna za NCIS Pearl Harbor. Ona i jej zespół równoważą obowiązki wobec rodziny i kraju, badając zbrodnie wysokiej stawki z udziałem personelu wojskowego, bezpieczeństwa narodowego i tajemnic samej wyspy.
Zespół agentów specjalnych Tennanta, wraz z agentami NCIS Nickiem Torresem i Jessicą Knight, dowiaduje się o planach ataku na Oahu podczas RIMPAC (Rim of the Pacific), największych na świecie międzynarodowych ćwiczeń marynarki wojennej.
Śledztwo zespołu prowadzi do świata nielegalnych wyścigów ulicznych po tym, jak ciało sierżant sztabowej marynarki wojennej zostaje odkryte na złomowisku. Tennant obawia się, że Alex coś przed nią ukrywa, Whistler jest zaniepokojona przedstawieniem Lucy swoim współpracownikom.
Tennant i zespół NCIS podejrzewają nieuczciwą grę, gdy badają śmiertelny wypadek samochodowy z udziałem oficerki marynarki wojennej, który okazuje się być oszustem. Whistler znajdzie się w niebezpieczeństwie, gdy pod przykrywką pozna prawdę o wypadku.
Kiedy marynarz marynarki wojennej wynurza się martwy w świętym, zakazanym miejscu kapu, zespół NCIS sprowadza agenta specjalnego CGIS Pike'a, aby odkrył tajemnicę i złapał seryjnego mordercę na wyspie. Ponadto Tennant poznaje nową dziewczynę Alexa.
Zespół NCIS prowadzi śledztwo w sprawie śmierci marynarza wojennego i idzie łeb w łeb z bezwzględną lokalną organizacją przestępczą. Ponadto Lucy szuka nowego mieszkania.
Kapral Marines umiera w basenie pływowym po kontakcie z fentanylem, zespół NCIS musi szybko znaleźć źródło narkotyków. Alex rozmawia z rodzicami na temat wzięcia wolnego, a Ernie ujawnia osobiste wiadomości Lucy.
Oficer marynarki wojennej zostaje zamordowany podczas pracy w teatrze społecznym, zespół NCIS rekrutuje znajomą twarz, aby pomóc doprowadzić ich do bezwzględnego międzynarodowego zabójcy. Kai zaciąga Whistlera do zbadania sprawy starego przyjaciela, który stał się przestępcą.
Komandor Chase zostaje uprowadzona ze swojego domu przez wojskowego Rangera oskarżonego o morderstwo, zespół NCIS musi działać szybko, aby ją odnaleźć.
W Waszyngtonie z okazji przejścia na emeryturę byłego profesora. Agenci NCIS zostają zmuszeni do zbadania sprawy samobójstwa profesora. Tennant, Jimmy Palmer i Sam Hanna zostają porwani, a wszystko to wiąże się z tajemniczym samobójstwem.
Kiedy agent specjalny Pike wpada w zasadzkę podczas pracy pod przykrywką z lokalną japońską rodziną przestępczą, zespół musi znaleźć osobę odpowiedzialną za organizację ataków.
Po wybuchu w laboratorium mety zespół NCIS dowiaduje się, że jeden z nich jest celem ataku. Lucy dostaje swoją pierwszą dużą sprawę na pokładzie lotniskowca.
Kiedy morderstwo kapitana i jego żony odbija się echem w poprzedniej sprawie, zespół NCIS sprowadza byłego członka zespołu, aby pomógł ustalić, czy mają do czynienia z zabójcą-naśladowcą.
Dezerter marynarki przypadkowo wychodzi z ukrycia, a jego rodzina staje się celem, który napędza zespół NCIS i Charlie 1 do zbadania sprawy. Lucy zaskakuje zespół, wracając wcześniej na Hawaje.
Kiedy kilku oficerów marynarki wojennej pada ofiarą żartu, zespół prowadzi śledztwo. Podejrzewają, że mają do czynienia z kimś, kto dopuszcza się drobnych kradzieży. W końcu dowiadują się, że lotnik marynarki wojennej może być powiązany z ich celem, i poznają jego syna. Whistler próbuje nakłonić informatora do wypełnienia swojej części umowy, ale ten prosi o coś, czego Whistler nie może dać. Alex informuje Tennanta, że podjął decyzję zmieniającą jego życie.
Milius powraca i prosi Tennanta o ochronę dziewczyny, która ma informacje na temat handlarza bronią, którego FBI i MON chcą aresztować. Milius ujawnia, że to dzięki niemu Alex dostał się do Annapolis.
Kiedy Tennant przesłuchuje podejrzanego, podczas gdy helikopter się rozbija, musi wykorzystać swoje umiejętności, aby uratować siebie i innych pasażerów.
Odkrycie martwego byłego agenta MI6 ujawnia sekrety z przeszłości Tennant, zmuszając ją do podjęcia ekstremalnych wysiłków w celu wyśledzenia odpowiedzialnej strony.
Kiedy pojawia się osoba z przeszłości Jane w CIA, załoga NCIS szuka pomocy w nietypowym miejscu, żeby złapać zabójcę, który grozi zniszczeniem wszystkiego, co Tennant udało się zbudować.