Najpopularniejszy serial telewizyjny na świecie jest kontynuowany na uwodzicielskich wybrzeżach Hawajów, gdy dowództwo obejmuje pierwsza kobieta jako agentka specjalna odpowiedzialna za NCIS Pearl Harbor. Ona i jej zespół równoważą obowiązki wobec rodziny i kraju, badając zbrodnie wysokiej stawki z udziałem personelu wojskowego, bezpieczeństwa narodowego i tajemnic samej wyspy.
Po przejściu badań lekarskich i psychologicznych Tennant jest zaskoczona, gdy Sam przeprowadza ostatnią rozmowę kwalifikacyjną, aby umożliwić jej powrót do pracy. Po włamaniu do bazy danych marszałka Stanów Zjednoczonych Sam dołącza do Tennanta w Las Vegas, aby zlokalizować hakera.
Po katastrofie samolotu transportowego więźniów, zespół NCIS musi odnaleźć skazańców, którzy uciekli na wyspę. Tymczasem Sam Hanna i Tennant mają za zadanie zlokalizować znanego rosyjskiego więźnia znanego jako „Chemik”.
Po bezczelnym napadzie na Federalną Unię Kredytową Marynarki Wojennej zespół NCIS tropi grupę poszukujących adrenaliny złodziei. Tymczasem Tennant nabiera podejrzeń co do powodów pobytu Sama Hanny na Hawajach.
Kiedy w lokalnym kurorcie wojskowym zostaje znaleziony martwy pilot marynarki wojennej, zespół udaje się tam pod przykrywką, aby odkryć przestępcze przedsięwzięcie.
Kiedy narzeczona zaginionego oficera marynarki zwraca się o pomoc do NCIS, zespół odkrywa, że jego sekrety sięgają znacznie głębiej. Tymczasem Sam rekrutuje Kaia na swojego skrzydłowego.