Z płytkiego grobu w parku wydostaje się młoda kobieta, która została pobita i pochowana żywcem. Niestety, cierpi na głęboką amnezję nie pamiętając nawet jak się nazywa. Mimo to, z przebłysków pamięci wie, że na jakimś okręcie stojącym w bazie marynarki wybuchnie bomba. Policja przekazuje zatem sprawę NCIS, które zaczyna rozwiązywać sprawę.

Młody pracownik agencji CIA zajmujący się kontrolowaniem satelity szpiegowskiego, dla zabawy podgląda nagie kobiety zażywające kąpieli słonecznych na plaży. Jednak tego dnia kamera satelity rejestruje także mężczyznę, który przynosi na plażę zwłoki marynarza...

W małym, spokojnym, amerykańskim miasteczku zostaje znaleziona na śmieciach odcięta stopa. Po testach i wstępnym śledztwie okazuje się, iż stopa należy do zmarłego oficera marynarki. Sprawa się jednak komplikuje, ponieważ właściciel stopy zmarł kilka lat temu...

W punkcie poborowym marynarki wojennej ginie przy biurku oficer zajmujący się rekrutowaniem żołnierzy. Jak się okazuje, dokonał tego wprawiony snajper, który dodatkowo na miejscu zbrodni zostawia piórko. Kilka dni później w innym punkcie poborowym ginie kolejny oficer. Gibbs aby schwytać snajpera postanawia zastawić na niego pułapkę.

Na poboczu drogi zostaje odnalezione ciało dentysty pracującego w bazie marynarki. W toku śledztwa okazuje się, iż w takich samych okolicznościach zostały odnalezione wcześniej dwie inne ofiary. Wszystko wskazuje na seryjnego mordercę, jednak mimo niepodważalnych faktów Gibbs ma nieco inną teorię...

Gibbs dowiaduje się, że jego były dowódca jest poszukiwany przez FBI. Przekonany o jego niewinności postanawia odszukać go przed policją i służbami federalnymi, i tym samym dowiedzieć się prawdy. Próbuje zrobić to sam, jednak z pomocą przychodzą mu Tony, Kate i Abby.

Bardzo sprytny i inteligentny terrorysta wkrada się do kostnicy zlokalizowanej w budynku NCIS. Biorąc za zakładników Duckiego, jego asystenta Geralda oraz Kate, próbuje zniszczyć wszelkie dowody znajdujące się w rękach NCIS o zabitym niedawno terroryście.

Podczas imprezy nieopodal nocnego klubu zostaje znalezione ciało marynarza. Jak się potem okazuje, został on tuż po śmierci przebrany. W toku śledztwa agenci odkrywają w jego pokoju dużą ilość gotówki i podejrzewają, iż mógł on być zamieszany w ciemne interesy...

Młody marynarz ucieka z więzienia, w którym odsiadywał wyrok za zamordowanie swojej żony. Będąc obecnie poszukiwanym zwraca się do NCIS z nadzieją na uniewinnienie, bowiem twierdzi on, iż rozwikłał zagadkę morderstwa swojej żony i ma dowody na swoją niewinność.

Agent specjalny Chris Pacci zostaje zamordowany podczas prowadzenia śledztwa. Rozwikłaniem jego śmierci zajmuje się zespół Gibbsa, a trop wiedzie do pięknej kobiety. Aby zbliżyć się do niej agent specjalny DiNozzo używając swojego wdzięku umawia się z nią na randkę...

Ginie żołnierz marynarki wojennej. Gibbs prowadząc śledztwo zauważa, iż z oddziału zaginionego kilku jego kolegów również nie stawiło się do bazy. Po odnalezieniu ciał ofiar staje się jasne, iż zaginiony marynarz może stać się ostatnią ofiarą mordercy.

Żołnierz marine zostaje zamordowany. Jako narzędzia zbrodni użyto wyrzutni rakiet. Trop wiedzie agentów do bazy, która jak sądzą agenci jest używana do nielegalnej sprzedaży broni. Wkrótce spotykają piękną agentkę pracującą pod przykrywką...

Doświadczony porucznik oddziału specjalnego spada z klifu podczas ćwiczeń nad tajną misją. Podczas śledztwa okazuje się, iż zawiodła klamra utrzymująca linę. Materiał z jakiego została wykonana wskazuje, iż nie był to wypadek a morderstwo. Agenci mają 48 godzin aby zdemaskować zabójcę zanim oddział wyruszy na tajną misję.

Gibbs nadal przeszukuje bazę danych w celu poznania tożsamości terrorysty, który miesiąc temu wziął ludzi z jego zespołu jako zakładników. Nieoczekiwanie poszukiwany porywa Kate i wtajemnicza ją w swój plan. Zamierza on bowiem dokonać zamachu na prezydencie Stanów Zjednoczonych oraz Izraela...

Żona i niewidoma, ośmioletnia córka kapitana marynarki zostają porwane. Mężczyzna jest uwięziony w swoim biurze, skąd porozumiewa się z porywaczami, którzy obserwują każdy jego ruch dzięki kamerze komputerowej. Bohaterowie prowadzą śledztwo w tej sprawie. Prędko okazuje się, że w grę wchodzą olbrzymie pieniądze.

W opuszczonym budynku zostają znalezione zmumifikowane zwłoki kobiety. Bohaterowie odkrywają, że zaginęła ona kilka miesięcy temu, w momencie śmierci miała na sobie suknię ślubną i mogła paść ofiarą seryjnego mordercy. Poszukiwania zabójcy prowadzą ekipę na Florydę, gdzie inna kobieta zaginęła w drodze do pracy. Jedną ze wskazówek jest poradnik dla dobrych żon.

Na polu zostaje odnaleziony helikopter marynarki. Stoi w środku kręgu w zbożu, a piloci zaginęli bez śladu. Okazuje się, że tak naprawdę w maszynie siedział tylko jeden z pilotów, a drugi być może wyruszył na ścieżkę zemsty.

Dwóch marynarzy odkrywa ciało kobiety w mundurze marynarki. Ducky łączy tę sprawę z pewnym niezakończonym śledztwem sprzed dziesięciu lat i zaczyna dziwnie się zachowywać. Seryjny zabójca pozostawia na zwłokach list, w którym obiecuje powrócić.

Bohaterowie odkrywają miejsce, w którym mafia od dłuższego czasu porzuca zwłoki. Jedną z odnalezionych ofiar jest agent FBI, który przeniknął do struktur mafijnych. FBI podejrzewa, że ktoś wydał agenta, i aresztuje Fornella. Gibbs postanawia odnaleźć prawdziwą wtykę.

Kiedy weteran z Iraku otrzymuje pogróżki od grupy terrorystów, ekipa bierze na siebie ochronę kobiety. Usiłują przekonać agenta FBI, by pomógł im w tym zadaniu. Jednocześnie wierzą, że odkryli zamachowca. Jednak nie wszystko jest takie, jak mogłoby się wydawać.

Ernie Yost to starszy pan i weteran marynarki, nagrodzony Medalem Honoru. Pewnego dnia przychodzi do kwatery wydziału śledczego i spokojnie wyznaje, że zabił swojego najlepszego przyjaciela w trakcie bitwy podczas drugiej wojny światowej. Bohaterowie muszą udowodnić, czy Ernie jest winny, czy też nie. Do dyspozycji mają jednak bardzo mało dowodów i świadków, gdyż domniemane przestępstwo miało miejsce w latach 40.

W szpitalu wojskowym w Bethesda weteran wojny w Zatoce, komandor porucznik Michael Dornan staje w płomieniach. Wszystko wskazuje na to, że podczas rekonwalescencji po operacji serca doznał samospalenia. Śledczym szybko udaje się wykazać, że zginął, ponieważ ktoś podpalił podawany mu tlen. Agentka specjalna Paula Cassidy wyznaje DiNozzo, że postanowiła „odpuścić" i nie zameldowała, jakim służbistą był Dornan. Jego postawa przysporzyła mu sporo wrogów, w tym chorążego Hayesa. Komandor dręczył go w zemście za to, jak sam był traktowany przez jego ojca. Chorąży znika, a gdy zostaje odnaleziony, jest na skraju załamania. Raport z autopsji ofiary rzuca nowe światło na wydarzenia.

Żona jednego z marynarzy ciężko rani młodego człowieka ubranego na czarno. Utrzymuje, że włamał się do jej domu i próbował ją zgwałcić. Napastnikiem był Jeremy Davison, nienotowany cywil bez powiązań z wojskiem. Mężczyzna zarzeka się, że wszystko odbywało się za zgodą kobiety, a na dowód swych słów przedstawia erotyczne zdjęcia i emaile. Laura Rowens do niczego się nie przyznaje, a w toku śledztwa okazuje się, że oboje odwiedzali portal Scarlet Secret, przeznaczony dla ludzi snujących fantazje o gwałcie. Okazuje się, że wszystkiemu winny jest haker. Kiedy zostaje odnaleziony, okazuje się, że sam padł ofiarą „czarnej wdowy".

NCIS aranżuje ucieczkę przemytnika, by schwytać całą szajkę handlującą zabytkami archeologicznymi z Iraku. Tony, wyposażony w ukryty nadajnik GPS zostaje skuty kajdankami razem z podejrzanym, Jeffreyem White'em. Agenci liczą, że wybieg ten pozwoli im dotrzeć do wspólnika Jeffreya i jego bezcennego łupu. DiNozzo świetnie się bawi podczas ucieczki, lecz występują nieprzewidziane komplikacje. Wspólnik przemytnika nie jest tym, za kogo się podaje.