Serial ukazuje grupę agentów z brygady "NCIS". Rozwiązują oni szereg spraw kryminalnych mających związek z Marynarką Wojenną i Korpusem Marines. Przywódcą ekipy jest agent z wieloletnim doświadczeniem, Leroy Jethro Gibbs. W skład ekipy wchodzą jeszcze były detektyw, specjalistka sądowa oraz lekarz.
Dwóch chłopców znajduje ciało dowódcy marynarki wojennej w spokojnej podmiejskiej okolicy. Gibbs i spółka prowadzą śledztwo. EJ Barrett pojawia się ponownie po przerwie, ale pozostaje celem. Ginie kolejny mężczyzna, a grupa chroni EJ oraz znajduje i łapie zabójcę.
W barze nieznana osoba z wyciągniętym pistoletem podchodzi do Gibbsa, który rozprawia się z nią. Następnie Gibbs doświadcza retrospekcji i fantazji, które wyjaśnia Franks.
Cywil i kapitan marynarki wojennej giną od strzałów w Waszyngtonie. Gibbs i spółka prowadzą śledztwo. Grupa rozwiązuje zagadkę i łapie złoczyńców, a Wendy ujawnia Tony'emu pewną tajemnicę.
Kiedy dwóch włamywaczy wchodzi do domu w Arlington w Wirginii, na przedmieściach Waszyngtonu, DC, znajdują powieszone ciało mężczyzny. Ofiara okazuje się być psychologiem, który był również rezerwistą marynarki wojennej w służbie czynnej. Podczas gdy Gibbs i spółka prowadzą dochodzenie, wkrótce spotykają dr. Rachel Cranston, która była koleżanką ofiary i z którą mieli już wcześniej do czynienia.
Kiedy Gibbs spotyka się z bosmanem marynarki wojennej i jego prawnikiem, aby zawrzeć umowę, ktoś upada i umiera. Podczas gdy grupa prowadzi dochodzenie, znajduje powiązanie z nielegalnym handlarzem bronią.
Podczas gdy Gibbs i Tony zajmują się ochroną SecNav, strzelec strzela do sekretarki. NCIS prowadzi ciche dochodzenie z pomocą dr Ryana, a w grę wchodzi szantaż. Ekipa i Ryan znajdują hakera oraz złoczyńcę.
Podczas pobytu na wolności w Baltimore, w stanie Maryland, marynarz umiera od rany kłutej. Gibbs i spółka prowadzą śledztwo, a głównym podejrzanym jest szwagier Vance'a. Zespół nie ustaje w wysiłkach, Abby rozwiązuje sprawę i udaje im się schwytać złoczyńcę.
Piknikująca para natrafia na trupa, który okazuje się być ciałem pierwszego porucznika Korpusu Piechoty Morskiej Stanów Zjednoczonych. Po rozmowie Gibbsa z dr Ryanem, on i zespół badają sprawę.
Ekipa NCIS sprawdza pożar w magazynie w Baltimore, gdzie znajdują powiązania z Flotą Strażników. Ekipa współpracuje z miejskim śledczym ds. podpaleń, który ma tajemnicze powiązania z Tonym.
Gibbs i spółka kontynuują dochodzenie w sprawie eksplozji i pożaru. Tony, McGee i Ziva pracują na pokładzie lotniskowców, a Ducky i Abby zapewniają duże wsparcie. Tony i Ziva łapią złoczyńcę, który mówi, kto go wynajął i dlaczego.
Gibbs wraz z ekipą próbuje dopaść Dearinga i rozwiązać sprawę eksplozji oraz zniknięcia dyrektora. Dearing wciąż gra w kotka i myszkę z Gibbsem i Ryan. Po kolejnej eksplozji i morderstwie dochodzi do katastrofy w stoczni.
Navy Seabees kontynuują prace w budynku. Psychiatra przeprowadza obowiązkowe oceny psychologiczne wszystkich. Ciało pracownika zbrojowni pojawia się cztery miesiące po eksplozji, a Abby i reszta grupy pracują nad tą sprawą.
Ducky, na zwolnieniu lekarskim, nieoficjalnie wzywa do ekshumacji ciała komandora, którego autopsję przeprowadził 12 lat temu, a teraz podejrzewa morderstwo. Grupa bada kolejną śmierć i znajduje powiązanie i rozwiązanie.
Nadmuchiwana tratwa wyrzuca na brzeg trzech rozbitków z zaginionego helikoptera marynarki wojennej, gdzie pilot również zaginął. Gibbs i spółka oraz Borin (z CGCIS) prowadzą śledztwo. Zespół i druga Abby odnajdują pilota helikoptera.
Dwóch oficerów piechoty morskiej wraca z Afganistanu po zasadzce. Pewnej nocy jeden z nich ginie w walce na pięści w alejce w Waszyngtonie. Gibbs i spółka prowadzą śledztwo.
Gibbs mówi Joe, że miał rację co do obecności Kerseya z wrogiem w Afganistanie i że on i grupa potrzebują jego pomocy, aby znaleźć złoczyńcę. Evan zostaje, aby pomóc Joe, ale ich ojciec wraca do domu w Ohio. Joe udaje się z Gibbsem na spotkanie z Paulem, innym członkiem oddziału, który negatywnie reaguje na Joe'go. Abby używa sprzętu wirtualnej rzeczywistości (VR), aby pomóc Joe odzyskać część jego wspomnień. Grupa zwiększa wysiłki, aby znaleźć Kerseya.
Marynarz strzela do Fornella, który odpowiada ogniem i zabija go. Gibbs i spółka prowadzą śledztwo, wraz z Fornellem i byłą żoną Gibbsa. Grupa znajduje martwe ciało, zaginionego księgowego i dwóch złoczyńców.
Komandor porucznik marynarki wojennej wraca z zagranicznej podróży do domu i znajduje rozkładające się ciało męża. Kiedy Gibbs i jego zespół badają sprawę, znajdują nowy rodzaj nieobiegowych banknotów o nominale 100 dolarów.